（1）低溫問題 保護性耕作早春地溫回升較慢，造成春播作物播種期延遲，出苗保苗難，幼苗生長緩慢。
（2）雜草與病蟲防治問題 保護性耕作不翻動土壤，雜草不能掩埋，多年生雜草有增加趨勢，雜草的數量增多，雜草種類也發生著變化。同時，病害（主要是土傳病害）和害蟲（尤其是地下害蟲）的發生幾率提高，嚴重影響作物出苗率及生長發育。
（3）農家肥施用與灌溉問題 保護性耕作不翻耕土壤，農家肥難以掩埋，目前還沒有合適的農業機械可以將農家肥混入土中，農家肥如何施用成了大問題。保護性耕作的另壹問題就是灌溉。在有地表覆蓋時，常規灌溉方式往往造成水資源大量浪費，加之北方旱區雨量有限，要采用保護性耕作提高作物產量必須改進灌溉方式。
（4）土壤變酸的問題 大量研究表明，保護性耕作導致土壤變酸（尤其30厘米耕層內），影響鈣、磷等元素的利用，對作物生長不利。
此外，保護性耕作在個別鹽堿地區有增加土壤鹽堿化的可能；保護性耕作因為大量使用除草劑、殺蟲劑，會使谷物品質受到影響，同時也在壹定程度上影響了鳥類的生物多樣性。