單壹過量使用化肥，土地表層變淺，營養減少，土地貧瘠，作物生長受挫的情況增多。改善這種狀況的方法之壹就是增加有機肥的施用量，這說明有機肥的作用對於作物的生長是非常必要的。農田土壤中的肥料發酵後會釋放大量熱量，沒有充分發酵和成熟施用，容易造成農作物燒根燒苗。腐熟的糞肥施入土壤後，必須經過發酵才能被作物吸收利用。壹方面，發酵過程中容易高溫燒苗。在氨的作用下，有些種子不能發芽。
同時，農家肥中還含有大量的寄生蟲卵和細菌，不僅會汙染土壤，還會影響農作物的生長。與化肥相比，常用的復合肥只含有氮、磷、鉀，而有機肥含有壹些微量元素，如鎂、硫、鐵、鈣等，營養全面，有利於作物生長。農家肥施入土壤後，其中所含的有機質可以通過土壤中微生物的作用形成壹種腐殖質，腐殖質的作用可以促進土壤團粒結構的形成。此外，土壤中微生物的活性會增加，土壤的滲透性也會增加。在這種情況下，土壤的保肥能力就會得到培養，作物的質量和產量就會得到保證。
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