1、概念不同
商品房在中國興起於80年代，它是指經政府有關部門批準，由房地產開發經營公司（個人、外國公司）向政府機關單位租用土地使用權期限40年、50年、70年開發的房屋，建成後用於市場出售出租的房屋，包括住宅、商業用房以及其他建築物。商品房又稱“大產權房”。
自建房是泛指擁有自有土地的單位和個人，自己組織並通過雇傭他人施工，而建造的房屋和建築。自建房是我國傳統建造方式的主流，尤其是在我國農村地區，農村居民幾乎都是通過自建房方式，來滿足各自的居住需求。不能在城鎮規劃區外或建設用地範圍建房。
2、土地性質不同
自建房要看土地性質而定，分為農村集體用地宅基地自建房和國有土地拍後自建房；符合上市交易的商品房是國有土地出讓，還有小產權房（銷售人員謊稱為商品房可以銷售，實際上是違反相關規定的）。
3、報建審批程序不同
農村是集體所有制土地，妳是本村的人，就有土地所有權，村集體同意，國家土地部門備案後，妳就可以自建房。商品房則是在開發商拍下土地後，通過政府審核相關報建資料、設計資料等文件後允許建房，達到可銷售程度後方能上市銷售的房子。
4、建設方不同
自建房是由自己出錢自己建自住的；商品房則是由開發商或其他建設方建設，合法的商品房是可以上市交易的，由他人購買後形成產權交易。
參考資料：
百度百科-自建房
百度百科-商品房