含有壹種以上微生物的培養物稱為混合培養物。如果壹個群體中的所有細胞都來自壹個親代細胞，那麽這個群體就叫做純培養。鑒定菌株時，壹般要求使用的微生物為純培養物。獲得純培養物的過程稱為分離純化，方法很多。
1，倒平板法
首先將微生物懸液進行系列稀釋，將壹定量的稀釋液與維持在40-50度左右的融化的營養瓊脂培養基充分混合，然後將混合液倒入無菌培養皿中，待凝固後，將平板倒置於恒溫箱中培養。將單個細胞多次增殖形成菌落，取單個菌落制成懸液，重復上述步驟數次，得到純培養物。
2、塗布平板法
首先將微生物懸液適當稀釋，將壹定量的稀釋液放在無菌固化的營養瓊脂平板上，然後用無菌玻璃刮刀將稀釋液均勻塗布在培養基表面，恒溫培養後即可獲得單菌落。
3、平線法
分離微生物最簡單的方法是平板劃線法。用無菌接種環取少許培養物，鋪在平板上。畫線的方法很多，常見的容易出現單菌落的畫線方法有斜線法、曲線法、網格法、放射法、四網格法等。當接種環在培養基表面向後移動時，接種環上的菌液逐漸被稀釋，最後單個細胞分散在畫出的線上，每個細胞培養後長成壹個菌落。