1取證難度不同
鄉村全科助理醫師主要針對的是基層鄉村醫師，為了滿足偏遠地區患者的基本看病需求。所以必須要求有壹定實踐經驗，對於文化程度要求不算太高，因此相對來講取證難度不高;但執業助理醫師主要是為了取得參加執業醫師考核的資格，相對來講考核的難度較高，想要通過不算容易。
2效用不同
有鄉村全科助理醫師證的人員，可以在鄉鎮、農村等地區從事基本的行醫活動。這個證書在2016年首次舉行考核的初衷，就是為了給廣大鄉村醫生壹個出路，但它在執業地點上有壹定限制。而執業助理醫師則不同，不僅能在鄉鎮、農村從事基本的行醫活動，也可以在其他地區作為執業醫師的助手，並在執業醫師的指導下從事簡單的醫學類工作。
3報考條件不同
鄉村全科助理醫師證的報名條件是需要在鄉鎮衛生院(含在編人員、臨聘人員)或村衛生室(持有鄉村醫生執業證、村衛生室醫學單位執業許可證)工作滿1年且考核合格，執業助理醫師的報名條件是 在執業醫師指導下，在醫學、預防、保健單位中試用期滿壹年的，可以參加執業助理醫師資格考試。或者 以師承方式學習傳統醫學滿三年或者經多年實踐醫術確有專長的，經相關部門確定的傳統醫學專業組織或者醫學、預防、保健單位中考核合格並推薦，可以參加執業醫師資格或者執業助理醫師資格考試。至於在學歷方面的規定，兩者的要求都壹樣，只需滿足中專及以上的學歷就可以。