化肥會造成土壤汙染。肥料中所含的重金屬和其他有毒離子，如礦物肥料中的砷和輻射、鉻、氟等有毒元素，在肥料生產的原料中含有壹些微量元素，隨著生產過程進入肥料。其次，化肥會造成水汙染，上層土壤中的養分包括化肥會隨水淋溶，進入地面和農業區的水中，造成水汙染。第三，肥料中的氮會造成空氣汙染，汙染的主要途徑是上層土壤中微生物的硝化和反硝化作用，這樣壹部分氮肥會轉化為亞硝酸鹽進入環境，破壞臭氧層，成為溫室效應的原因之壹[]。此外，施肥不當還可能直接對食物造成生物和化學汙染。生物汙染是有機肥和帶有致癌細菌的人畜糞便造成的，化學汙染是過量使用氮肥導致產品中硝酸鹽含量增加。
土壤汙染是農產品不安全的根源，所以我們應該:1。加強土壤汙染修復。第二，合理施肥控制源頭。同時，對新型環保肥料的規定將推動創新肥料產品向多元化、無公害、成本最小化方向快速發展:1)使用者不會產生和積累有害物質，不會影響人體健康(安全)。2)有利於保護或促進用戶的成長，或保護或提高產品的質量(有效性)。3)對生態環境無不利影響(無汙染或環保)
食品安全的壹般性問題是涉及人類發展和食品供應的重大社會問題，不僅直接關系到消費者的生命健康，也關系到生產經營企業的經濟利益。總的來說，社會穩定與經濟發展密切相關。解決食品安全問題，必須找出影響食品安全的主要汙染因素，從而對癥下藥，防患於未然，確保食品安全，造福人類。
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