首先是環境汙染問題。在環保部的全國汙染源普查公報中，制藥工業占全國工業總產值的1.7%，而汙水排放量卻占到2%。其次是藥用資源枯竭的問題。有超過四成的野生藥用資源正在嚴重枯竭，未來數年可能出現斷檔、甚至無藥可用的局面。
還有產業模式轉型也是大問題。中國醫藥公司以特色化學原料藥和大宗化學原料藥為主，這壹市場不僅競爭激烈，利潤低，而且也會使得環保和資源枯竭問題加劇。而壟斷性和利潤都極高的“全新藥”研發和專利多掌握在跨國藥企手中。因此，提升品牌、刺激創新就成為中國醫藥公司模式轉型的方向。
總之，在國際醫藥品牌的夾擊下，中國藥企面臨著可持續發展的威脅，樹立品牌和科研升級成為企業實現轉型的必由之路。