醫院信息系統是指利用計算機軟硬件技術和網絡通信技術等現代化手段，對醫院及其下屬科室的人流、物流、資金流進行綜合管理，對醫療活動各階段產生的數據進行采集、存儲、加工、提取、傳輸、匯總、處理，形成各種信息，從而為醫院整體運行提供全面自動化管理和各種服務的信息系統。
從功能和系統的細分來看，醫院信息系統壹般可以分為三部分:壹是滿足管理需求的管理信息系統；二是符合醫療要求的醫療信息系統；三是滿足以上兩個要求的信息服務系統，每個子系統又可以分為若幹個子系統。此外，很多醫院還承擔著臨床教學、科研、社會醫療、醫療保險等任務，因此在醫院信息系統中也要設置相應的信息系統。
醫院信息系統的功能
1.收集並永久保存醫院需要的所有數據。
2.由於醫院信息尤其是患者信息具有動態數據結構和數據快速增長的特點，醫院信息系統應具有大容量存儲功能。
3.享受數據。
4、能夠隨時快速準確地提供醫院工作所需的各種數據，支持醫院運行中的基本活動。
5.具有單筆交易處理、綜合交易處理、輔助決策等功能。
6.具備有效的數據管理和數據通信功能，確保數據的準確性、可靠性、保密性和安全性。
7.為了保證醫療活動和醫院行動的不間斷運行，系統應具有連續運行的功能。
8.應采取有效的安全和維護措施，以確保系統的安全性。
9、有必要的軟件和數據庫支持系統開發和研究工作。
(10)有良好的用戶環境，終端用戶的應用和操作要簡單、方便、易學、易懂。
(11)系統具有可擴展性。