1、制作原料。十三香是用丁香、桂皮、花椒、八角等十三種傳統的中草藥植物，按照嚴格的比例制作而成，其味道非常的復雜多樣。而孜然主要是用八角、桂皮等中草藥香料，再加上壹種新疆地區所特有的安息茴香制作而成，孜然的特殊味道也是主要由安息茴香在發揮作用，其他香料只是起到輔助作用，所以沒有安息茴香的十三香是不能代替孜然的。十三香是不能代替孜然粉使用的，十三香是由十三種不同的中草藥制作而成，味道復雜多樣，但是不含孜然粉中所特有的安息茴香，所以在味道和口感上和孜然粉有很大的區別。十三香主要用在炒、燉、燜等烹飪方式中，而孜然粉主要用在燒烤和油炸食物中。
2、用途。十三香的主要用途在於燉、燜、煮等烹飪方式中，加入了十三香後能提升香味，去掉腥味，並且十三香本身就具有很好的醫用價值，加入菜肴中能大大提升其營養價值。孜然粉更多的是當作燒烤、油炸類食物的調味料，在日常的烹炒中很少會用到。如果在燒烤中加入十三香，很難到達那種香麻酥口的味道。