十二生肖的起源與動物崇拜有關，每壹種生肖都有豐富的傳說，並以此形成壹種觀念闡釋系統，成為民間文化中的形象哲學，如婚配上的屬相、本命年等。
星宿說，古人將黃道與赤道附近的恒星分為“二十八星宿”。二十八宿分別代表壹種動物。古代將周天等分十二分，用十二支表示，而十二支配屬生肖，生肖與二十八星宿存在對應關系。明代大學士王鏊認為，二十八種動物配屬二十八星宿，並“以七曜統之”，成“女土蝠，虛日鼠，危月燕，子也”的格局。清代李長卿在《松霞館贅言》認為，二十八宿配動物“即前十二屬加壹倍者也“，“亢金龍，辰官也，角木蛟附焉。蛟，龍類也”，體現十二生肖為基礎湊齊二十八種星宿動物。但該說難免有附會，二八星宿配動物的記載要晚於十二生肖。
歲星說，木星十二年運行壹周天，從木星位置可確定年度支序。《玉函山房輯佚書》認為每十二年，“三歲穰，三歲毀，三歲康，三歲旱”，另說是“天下六歲壹穰，六歲壹康，幾十二歲壹饑”。植物興衰和動物生活環境存在周期，食草動物（鼠、牛、馬、羊）和肉食雜食動物在不同年份的生活條件大不相同，不同年份出生的人如能模仿當年生長旺盛的動物，從而形成生肖動物，以此推定動物興衰與木星年有關，十二生肖和十二辰相統壹。
圖騰說，《史記·五帝本紀》記述黃帝“教熊羆貔貅軀虎，以與炎帝戰於阪泉之野”，文中所言是各部落圖騰，絕非真有降龍伏虎本領。十二生肖來源於原始社會的圖騰崇拜，成令人信服的學說。