直到現代，密碼學幾乎專指加密算法:將普通信息(明文)轉化為不可理解的數據(密文)的過程；解密算法是相反的過程:從密文到明文；密碼包括這兩種算法。壹般來說，加密是指加密和解密技術。密碼機的具體操作由兩部分決定:壹是算法，二是密鑰。密鑰是密碼算法中使用的秘密參數，通常僅由通信者擁有。歷史上，密鑰通常不經過認證或完整性測試就直接在密碼機上使用。密碼分析是研究如何破解密碼學的學科。但在實際使用中，通常稱之為密碼學(英文中通常稱之為cryptography)，其含義沒有具體區分。
在口語中，代碼通常指加密或隱藏信息的各種方法。但是，在密碼學中，編碼有壹個更具體的含義:它意味著用壹個碼字替換壹個特定的明文。比如把“(拂曉進攻)”換成“(蘋果派)”。編碼在嚴格的密碼學中已不再使用，但在信息論或通信原理中有更明確的含義。
在漢語口語中，計算機系統或網絡使用的個人賬戶密碼往往被替換為密碼。雖然密碼也屬於密碼學研究的範圍，但在學術上並不等同於密碼學中的密鑰，盡管兩者往往關系密切。
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