1930年4月，國民黨政府關閉曉莊師範學校，多名學生被捕殺害，陶行知也被通緝，逃亡海外。後來，在陶行知的鼓勵下，南京的壹些學生自發組織了曉莊兒童自動學校。
抗日戰爭1937至1945期間，學校被迫關閉。
65438年至0938年，從歐洲歸來的陶行知在香港許願建立曉莊書院，將生命教育理論運用於大學教育。
1951年1月，經周總理批準，南京曉莊學校復課，地點為南京曉莊。
1952和1958先後創辦了南京教育學院和南京師範學院，“教學壹體化”的理念也成為了學校辦學的重要教學理念。
1991年，經原國家教委批準，原南京師範學院與南京教育學院合並。
2000年3月，為進壹步落實南京市“科教興市”戰略，滿足地方經濟社會發展對人才的需求，經教育部批準，由原南京師範學院、南京教育學院、南京曉莊師範學校合並組建南京曉莊學院，實現了陶行知先生創辦曉莊學院的“回國三願”。
2013教育部批準增設秘書學、商務英語、自動化、財務管理四個專業。