1、自然發酵階段，在這壹階段人們對微生物的性質尚未認知，只是利用自然接種方法進行發酵制品的生產。此階段的技術特點是多數產品屬嫌氣發酵，且非純種培養，憑經驗傳授技術和產品的質量不穩定的特點。
2、轉折階段，這壹階段又可分為三個階段。第壹個階段以純種培養和無菌操作技術為轉折點，這壹階段的技術特點發酵過程避免了雜菌汙染，發酵效率逐步提高，生產規模逐漸擴大，產品質量穩定提高。
3、發酵放大技術的進壹步發展階段，技術特點是發酵罐的容積發展到前所未有的規模，發酵時氧耗大，對發酵設備提出了新的要求，並逐步運用計算機以及自動化控制技術進行滅菌和發酵過程的PH，溶解氧等發酵參數的控制，使發酵生產向連續化，自動化前進了壹大步。
4、以基因工程為中心的時代。技術特點是定向的改變生物性狀與功能，創造新物種的目的，賦予微生物細胞具有生產較高等生物細胞所產生的和化合物的能裏。擴大了微生物的範圍，大大豐富了發酵產業的內容，使發酵工業發生了革命性的變化。
擴展資料：
發酵工程與傳統相比的特點
主要以可再生資源為原料；反應條件溫和；環境汙染較少；能生產目前不能生產或通過化學方法生產困難的性能優異的產品；投資較少。
發酵生產流程三個階段
上遊、中遊和下遊。先進行高性能生產菌株的選育；然後在人工或計算機控制的生化反應器中進行大規模培養，生產目的代謝產物；最後收集目的產物並進行分離純化，最終獲得所需要的產品。