發酵工程，是指采用現代工程技術手段，利用微生物的某些特定功能，為人類生產有用的產品，或直接把微生物應用於工業生產過程的壹種新技術。
發酵工程這種生物技術的應用給傳統的發酵業帶來了很大的變化。發酵工程具有以下的特點：生產條件溫和；原料來源豐富且價格低廉，產物專壹；廢棄物對環境汙染小而且容易處理。
發酵工程的要素
（1）溫度
溫度能影響酶的活性，也能影響生物合成的途徑。溫度還會影響發酵液的物理性質，以及菌種對營養物質的分解吸收等。
（2）pH
pH能夠影響酶的活性，以及細胞膜的帶電荷狀況。還會影響培養基中營養物質的分解等。
（3）溶解氧
在發酵過程中菌種只能利用溶解氧。因此，必須向發酵液中連續補充大量的氧，並要不斷地進行攪拌，以提高氧在發酵液中的溶解度。
（4）泡沫
發酵過程中，通氣、攪拌、微生物的代謝過程及培養基中某些成分的分解等，都有可能產生泡沫。過多的持久性泡沫對發酵是不利的。
（5）營養物質的濃度
發酵液中各種營養物質的濃度，特別是碳氮比、無機鹽和維生素的濃度，會直接影響菌體的生長和代謝產物的積累。