醋桿菌常見於腐爛的水果、蔬菜、酸果汁、醋和飲料中。它屬於革蘭氏陰性桿菌，兼性好氧，但容易變性。退化細菌呈現樹枝狀、絲狀等彎曲狀。舊培養物中菌株的革蘭氏染色也經常改變。醋桿菌能將乙醇氧化成醋酸，因此是制醋的主要菌種。
非致病性棒狀桿菌通常從土壤、水、空氣和汙染的細菌培養皿或血平板中分離。谷氨酸棒桿菌、lux棒桿菌、烴分解棒桿菌等非致病性棒桿菌經常用於生產谷氨酸壹鈉(L-谷氨酸鹽)。它們能把糖分解成有機酸，把含氮物質分解成銨離子，然後進壹步合成谷氨酸，積累在發酵液中。
乳酸菌能產生乳酸，在發酵乳制品的生產中起主要作用。根據其糖發酵的特點，可分為同型酶和異型酶。
在發酵過程中，同功酶可以將發酵液中80 ~ 90%的乳糖轉化為乳酸，只有少量的其他副產物。常用的菌種有:幹酪乳桿菌、保加利亞乳桿菌、嗜酸乳桿菌、瑞士乳桿菌、乳酸乳球菌、嗜熱鏈球菌和乳酸乳球菌琥珀酸亞種。
在發酵過程中，異型發酵菌可以將50%的乳糖轉化為乳酸，將另外50%的糖轉化為其他有機酸、醇類、二氧化碳、氫氣等。食品中使用的菌種有明串珠菌葡聚糖和明串珠菌奶精。