?小火龍在壹島的火焰山，妙蛙種子在沙湖樂園所在市的東面的草叢裏，傑尼龜在達西市遊戲廳旁邊那個學生蛋的那條湖裏。
在遊戲中，玩家可以和《寶可夢鉆石·珍珠》中登場的寶可夢們壹起冒險。並且本作忠實重現了當時的故事，多彩多姿的各種玩法也會在Nintendo Switch平臺復蘇。
另壹方面，本作不僅融入了當今《寶可夢》系列簡單易懂且容易上手的特色，玩家還可以體驗極具臨場感的寶可夢對戰。
《寶可夢水晶版》的遊戲舞臺被設定在關都地區和西邊的城都地區。關都地區源自日本的關東地方。城都地區的設計則來源於日本的關西地方和東海地方，這兩地的許多寺廟和傳統日本建築都在城都地區有所體現。
滿金市類似於大阪，其磁懸浮列車直達關都地區的金黃市，這與新幹線連通大阪和東京相似。此外，緣朱市與京都市類似，緣朱市內的燒焦塔和鈴鐺塔與鹿苑寺和慈照寺相似，鹿苑寺標誌性的鳳凰雕塑是鳳王的原型。