古村落被破壞的原因有人為破壞、自然破壞等。
1、人為破壞
由於人為的原因造成的，如拆毀、改造、敲砸、汙染、失火燒毀、環境破壞等。壹些地方打著“保護”的旗號，增加商業收入，置換土地，破壞村落。另外，新村建設、舊村改造、道路動遷等，都使村落舊有的場所、街巷空間逐步缺失，甚至出現水體汙染、河被填埋等現象。加上農村環境整治原則要求村容村貌整潔劃壹，難免破壞古建築的原有風貌。
2、自然破壞
主要指非人為所引起的破壞，如風雨侵蝕、陽光照射、空氣幹濕變化、洪水、雷電、地震及鳥獸的損傷等。
古村落保護措施
2012年4月，由國家住房和城鄉建設部、文化部、國家文物局、財政部聯合啟動了中國傳統村落的調查。通過各省政府相關部門組織專家的調研與審評工作初步完成，全國匯總的數字表明中國現存的具有傳統性質的村落近12000個。
2012年9月，由住房城鄉建設部、文化部、國家文物局、財政部聯合成立了由建築學、民俗學、規劃學、藝術學、遺產學、人類學等專家組成的專家委員會，評審《中國傳統村落名錄》。
傳統村落被認為是農耕文明村落民居的“活化石”，但由於大多都集中在交通不便、經濟落後的地區，得不到有效保護，面臨著數量銳減、毀壞嚴重、汙染威脅等問題。
2012年，我國開始對傳統村落開展調查、登記上報，截至2017年底，已公布了6批276個國家級歷史文化名村，4批4153個中國傳統村落。在已啟動的第五輪調查評估中，預計將有超過5000個具有重要保護價值的村莊納入。
以上內容參考：百度百科-中國傳統村落