基因重組技術構建的生物工程菌的發酵過程不同於傳統的發酵過程。就生物材料而言，前者包含帶有外源基因的重組載體。後者是單個微生物細胞；考慮到發酵過程，生物工程菌發酵生產的目的是獲得大量外源基因產物，盡可能減少宿主細胞的蛋白質汙染。外源基因的高水平表達不僅涉及宿主、載體和克隆基因之間的關系，而且與其環境條件密切相關，因此僅通過傳統的發酵工藝生產生物制品是遠遠不夠的。
分析了影響外源基因表達的因素，探索出壹套適合外源基因高效表達的發酵工藝。
基因工程菌發酵中最重要的兩個問題是細菌的高密度發酵和誘導條件的確定。細菌的高密度生長會導致供氧不足，培養基中產生了大量的乙酸，會極大地影響細菌的生長，這是值得註意的地方；另外，細菌的密度和外源蛋白的表達沒有直接的相關性，兩者的結合點是誘導條件的確定。此外，工程菌在不同的發酵條件下代謝途徑可能不同，對目的蛋白的下遊純化過程會產生不同的影響。
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