徐霞客的主要貢獻是對我國西南廣大石灰巖地區的峰林、溶洞、喀斯特溝壑、石芽、石梁、圓形窪地、天坑、天然橋梁、地熱現象等地貌的分布、類型、變化、特征和成因進行了詳細的調查和記錄，並進行詳細的記錄、分析和研究，具有科學的解釋。是中國乃至世界上最早的喀斯特地貌珍貴文獻，在世界範圍內被開辟。在水文學方面，他對許多河流的起源進行了詳細的調查，對各種水的來源和趨勢進行了認真的探索。他敢於打破傳統的錯誤說法，糾正以往研究中的不足和方誌記載的錯誤。特別是他的《長江源頭考》正確地指出了長江真正的源頭是金沙江，而不是岷江，大膽地否定了陳翔殷1000多年來“岷山導江”的錯誤論斷，還詳細地描述了氣候和地形對植物的影響。徐霞客遊記對壹些奇特的自然地理現象做出了許多科學的解釋，揭示了必然的自然規律。