(1)註意循證醫學與傳統醫學的辯證關系:雖然傳統醫學主要是根據醫務人員的實踐經驗和直覺對患者進行治療，對患者的診斷、治療和預後的評估是基於非購買的臨床經驗和對疾病機制的了解，但傳統醫學也強調證據，但對證據的獲取、分析、應用和效果評價沒有嚴格的規定。循證醫學要求信息檢索、分析整理、應用和效果評價有系統、全面的規則。但是，循證醫學在臨床技能、臨床經驗和臨床資料的收集與分析方面，並不能取代傳統醫學的歷史經驗。獲得的證據必須結合臨床數據和信息進行判斷，謹慎決定是否用於特定患者。所以，循證醫學和傳統醫學並不矛盾，反而提供了更加科學完善的臨床數據。現代醫學強調兩者的有機結合。
(2)正確對待循證醫學與隨機對照試驗的關系:雖然隨機對照試驗是循證醫學文獻檢索和證據評價的最佳研究方法，但循證醫學不僅將壹項隨機對照試驗的結果作為診斷和治療的依據，而且在嚴格的設計條件下，根據要解決的問題全面收集證據，並根據評價標準進行評分。如果隨機對照試驗的設計合理科學，就要根據患者的具體情況決定是否使用結果。
(3)註意循證醫學的局限性:①循證醫學雖然會大大提高醫療服務的質量和效率，但不能解決社會環境、自然環境、遺傳因素等所有與人類健康相關的問題。②建立壹個有效的醫學證據生成、匯總、傳播和利用系統需要壹定的資源，因此會在短期內壹定程度上增加醫療成本。③由於各種因素，循證醫學難以實施。④醫療決策是壹個非常復雜的問題。在資源有限的情況下，決策者在不得不考慮個人和社會利益、經濟和倫理問題之前，不得不做出壹些讓步。