壹般來說，廢水中有許多復雜的有機物，通過厭氧分解分四個階段降解:
(1)水解階段:高分子有機物由於分子體積大，不能直接穿過厭氧菌的細胞壁，需要在體外被胞外酶分解成小分子。廢水中典型的有機物，如纖維素，被纖維素酶分解成纖維二糖和葡萄糖，澱粉分解成麥芽糖和葡萄糖，蛋白質分解成短肽和氨基酸。分解後，這些小分子可以通過細胞壁進入細胞體進行進壹步分解。答案來自環保。
(2)酸化階段:上述小分子有機物進入細胞，轉化為更簡單的化合物，分布在細胞外。這壹階段的主要產物是揮發性脂肪酸(VFA)，也產生壹些產物，如醇類、乳酸、二氧化碳、氫氣、氨氣和硫化氫。
(3)乙酸生成階段:在此階段，上壹步的產物進壹步轉化為乙酸、碳酸、氫氣和新的細胞物質。
(4)產甲烷階段:在這個階段，乙酸、氫氣、碳酸、甲酸和甲醇都轉化為甲烷、二氧化碳和新的細胞物質。這個階段也是整個厭氧過程最重要的階段，是整個厭氧反應過程的限速階段。