與傳統疫苗相比，抗Id抗體疫苗也有其缺點。壹是有外源蛋白的副作用，二是弱免疫原。當單獨使用或添加佐劑時，誘導的抗體反應不如天然抗原分子有效。因此，如果將抗Id抗體與壹種載體如衣藻血藍蛋白或LPS交聯，可以誘導出強烈的抗體反應，甚至達到天然抗原的水平。交聯載體具有兩種功能:壹是誘導T細胞的功能，這是激活B細胞產生抗體所必需的；另壹種是使抗Id抗體形成多價復合物，有助於淋巴細胞與抗Id抗體的直接橋接反應，促進免疫反應的完成。因此，用抗Id抗體免疫時，將抗Id抗體與佐劑交聯有助於誘導高效的免疫應答。然而，使用的免疫劑量是誘導抗體反應的關鍵因素。壹般認為中等劑量可以誘發抗體反應，但無論高劑量還是低劑量都無效。使用的劑量取決於待測動物的物種和體重，以及抗獨特型抗體本身的壹些特性，如結構上與天然抗原的相似性和與細胞的親和力。以小鼠為例，高、中、低劑量分別限定為1mg、1 ~ 100 μ g、10ng。據研究> 50μg為最佳。
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