運河千年不衰，拱墅自古繁華。新石器時代末期，上塘鎮高亭村水田區就有人類活動。自隋唐以來，拱墅壹直是南北水陸交通要道和繁榮的商埠。到南宋時，由於運河水運便利，這裏已成為各路商人的貨物集散地。從大觀橋到米市巷，“百貨商場人頭攢動，商賈雲集，來回絡繹不絕”，成為舉世聞名的“東南財富之鄉”。到了元代，“北關夜市”成為錢塘八景之壹。明清時期，又增設了北新、嘉城、德勝橋、麥裕橋等市場，造就了聞名中外的“十裏銀湖山莊”，形成了“嘉城月色”、“陡門春起”、“半春花開”、“西山晚菜”、“園中吟”、“高亭雪”、“江橋暮雨”、“高亭雪”等運河兩岸的歷史文化遺跡， 如距今4000至5000年的半景觀場遺址、省級重點文物保護單位季翔寺石塔、陳宮橋、祥符橋、陽關、高家花園，以及石塘戰國墓遺址、富義倉遺址、小河街歷史文化街區等，無不展現了拱墅古老而燦爛的文明。
拱墅區的歷史可以追溯到新石器時代末期。
秦至唐，屬錢塘郡；宋誌清屬於仁和縣；杭州縣始建於1912，杭州市建於1927，為第六和第八區。
1949年5月杭州解放後，杭州市人民政府決定將第八區改為拱墅區。
1959為拱墅區人民公社協會，管轄範圍擴展到上思、劉流、三墩、東塘、良渚等地。
1960年4月為拱墅區人民公社，除市區外，轄祥符、上塘、康橋。7月1961設立恢復區建制，5月1969劃出三個人民公社，納入西湖區西溪街道。
西溪街1972劃入西湖區。
1990年2月，杭州市拱墅區、半山區撤銷，以原拱墅區、半山區新政區為新區，設立行政區，命名為拱墅區。
1996年6月，石橋鄉、東新街劃歸下城區，西湖區祥符鎮劃歸拱墅區。
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