早期，博物館主要以人類學、自然考古、動植物為收藏、展示和研究對象。到1972，博物館撤掉了所有自然科學藏品，展覽重點從原來的自然科學轉向社會科學、建國史和藝術展覽。1976畫廊開業後，成為當地藝術家舉辦展覽的重要場所。自然科學收藏品由新加坡科學博物館和新加坡國立大學保管。
到1993，國家博物館歸國家文物局管轄，分為三個部分，分別是新加坡藝術博物館、亞洲文明博物館和新加坡歷史博物館。
歷史博物館分兩個階段修復。增加壹棟行政樓，面積翻倍至4000平方米，設置八個永久展廳、壹個臨時展廳、壹個咖啡吧和壹個紀念品商店，在前後樓之間設置壹個有蓋的向陽庭院，保留壹個兒童探索樂園，並增加教室和視聽室。
新加坡歷史博物館是新加坡最古老的博物館。