到了元代，高力在《脾胃論》中再次提出:“君藥最重，臣藥次之，臣藥次之。不能使臣過於狂妄，君臣有序，可以抗邪除疾。”
到了清代，吳進壹步解釋說:“主病者即對癥之藥，故謂之君。君子幾味而重，主要看這個。左軍認為自己是大臣，多了壹點味道，分量輕了壹點，所以匡軍不驕不躁。
回應部長的說可以做，數量可以進出，但是分量比較輕，準備通過導員做。這就是君、臣、輔的意思。“中藥方劑中的君、臣、佐、使，是中藥方劑配伍的壹種形式，是根據方劑中單味中藥的作用而確定的。君是主的意思，君往往是方劑中起治療主導作用的中藥。
如四君子湯用於治療脾胃氣虛引起的厭食、便溏、尿長、腹脹、面色蒼白或萎黃、語言無力、四肢無力、脈細或沈等癥。其配方由人參、白術、茯苓、甘草四味中藥組成。人參有很好的益氣健脾壯陽作用，但食欲差，大便稀。人參在四君子湯中扮演君主的角色。
白術也是健脾良藥，有很好的溫補脾的作用，但效果不如人參，滋補力弱。輔藥是指茯苓，茯苓有利尿的作用，同時可以健脾安神。中醫認為脾喜燥怕濕，茯苓能利尿。所以本方加入茯苓健脾更有效。
甘草是四君子湯中的使藥，它可以配合君藥人參、臣藥白術和佐藥茯苓的治療作用，同時將所有藥物導向需要治療的臟腑經絡，使治療效果更有針對性。有些方劑，如六壹散、白虎湯，按君臣輔的原則不壹定配伍，但其總的原則也是主藥與輔藥的關系。具體方劑如何搭配，要由醫生根據疾病的辨證來決定。