1.很難收集土壤和植物樣本。
由於大多數果樹的個體和根系分布與大田作物和蔬菜不同，地上植物和根系的空間變異較大，因此對采集植物和土壤樣品的要求較高，養分測定結果因采樣方法不合理而不能很好地反映果樹的營養狀況。這首先要保證抽樣的代表性。
2.土壤養分測試結果與植物生長的相關性較差。
大多數果樹具有貯藏營養的特點，其生長和產量不僅受當年施肥和土壤養分供應的影響，還受上季施肥和土壤養分供應的影響。因此，土壤養分的測試結果與當年果樹生長狀況的相關性不如大田作物，這就要求果樹更註重測土配方施肥的長期效果，測土配方施肥更註重前期田間管理，同時也要求相應的果樹田間試驗必須耗時較長(3-5年，甚至更長)。
3.果農的管理水平差異很大。
果樹的生長往往是營養生長和生殖生長交替進行。即使在相同的土壤養分和施肥條件下，果農管理水平的差異也會影響產量和品質，同時影響果樹施肥效果的評價。因此，在果園測土配方施肥試驗研究中，盡可能選擇管理水平壹致、樹齡、樹體、生長壹致的果園是非常必要的。