對目標細菌進行革蘭氏染色。如果是革蘭氏陰性桿菌，則進行氧化酶和葡萄糖氧化發酵(O/F)試驗。如果氧化酶陰性，葡萄糖發酵，可以認為是腸桿菌科細菌。此外，根據葡萄糖酸鹽和苯丙氨酸脫氨酶試驗，腸桿菌科細菌分為三類。然後根據細菌在選擇性培養基上的顏色和形態、在凱氏雙糖培養基上的反應、動力學、吲哚、脲酶試驗(MIU)和IMViC試驗的結果，對該菌種進行綜合分析和鑒定。在腸桿菌科中，EPEC、誌賀氏菌和沙門氏菌除了它們的生物化學反應外，還應通過血清學試驗進行分組和分型。例如，壹種細菌在麥凱平板和SS平板上生長為紅色菌落，但在血平板上為灰色、濕潤、中等大小的菌落，革蘭氏染色陰性。在起亞上，斜面和底層都產生酸和氣體，H2S(-)，MIU (++)，IMViC (++)，通過以上生化反應可以鑒定為大腸桿菌。該菌株來源於8個月嬰兒腹瀉糞便，故MAC上紅色菌落與EPEC抗血清凝集，與EPEC多價抗血清結果陽性，進而確定H抗原。鑒定結果為EPECO119:H6，此時可出具最終鑒定報告。
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