本條例所稱水路運輸，包括航道和港口的規劃、建設、維護和保護，港口經營和水路運輸經營，水路交通安全管理等活動。第三條水路交通發展應當遵循統籌協調、創新驅動、綠色發展、安全暢通、高效便捷的原則。第四條縣級以上地方人民政府應當加強對水路交通的領導，將水路交通納入國民經濟和社會發展規劃，加強水路交通管理，提升航道和港口公共基礎設施及配套集疏運基礎設施建設、維護和管理的現代化水平，發揮水路交通綠色節能優勢，促進水路交通高質量發展。第五條縣級以上地方人民政府交通主管部門(以下簡稱交通主管部門)主管本行政區域內的水路運輸管理工作。交通主管部門所屬的交通綜合執法機構依照本條例的規定具體負責水路交通行政執法。
縣級以上地方人民政府其他有關部門應當按照各自職責，做好水路交通相關工作。第二章規劃、建設和維護第六條交通運輸主管部門應當會同有關部門將水路、港口、水路運輸、水路交通安全管理等水路交通發展納入本行政區域綜合交通運輸體系發展規劃，支持和保障水路交通發展。第七條交通運輸主管部門應當實施長江經濟帶、長三角壹體化、大運河文化帶建設等發展戰略，根據國民經濟社會發展和國防建設的需要，滿足和保障水運發展、水運安全、防洪安全和生態環境安全的需要，根據綜合交通運輸體系發展規劃，編制航道和港口規劃。第八條省航道規劃包括幹線航道網規劃和支線航道網規劃。幹線航道網規劃由省交通運輸廳會同省發展改革、水利、自然資源等部門編制；支線航道網規劃由省交通運輸廳和設區的市人民政府會同省發展改革、水利、自然資源等部門編制。
航道發展規劃的技術水平應適度超前，並在航道規劃中予以明確。航道現行技術等級由設區的市級交通主管部門按照相關技術標準評定，並報省交通主管部門批準公布。第九條港口規劃包括港口布局規劃和港口總體規劃。港口布局規劃包括沿江沿海港口布局規劃和內河港口布局規劃。港口總體規劃應當符合港口布局規劃。
港口所在地的市、縣(市、區)人民政府頒布實施的港口總體規劃，應當報省人民政府備案。省級交通主管部門應當加強對港口總體規劃編制的統籌協調和業務指導。第十條航道和港口公共基礎設施屬於公益性基礎設施，其建設和維護堅持政府投資，並鼓勵多種方式籌集建設和維護資金。航道和港口公共基礎設施建設和維護的資金來源包括:
(壹)國家和縣級以上地方人民政府安排的財政預算資金；
(二)國家和省明確用於航道、港口公共基礎設施建設和維護的政府性基金和行政事業性收費；
(3)社會資本投資；
(四)其他合法方式籌集的資金。
縣級以上地方人民政府應當根據經濟社會發展水平和航道、港口公共基礎設施建設維護的需要，在財政預算中合理安排航道、港口公共基礎設施建設維護資金。按照國家和省的有關規定，可以向通過船閘的船舶收取船閘費。國家和省另有規定的，從其規定。
縣級以上地方人民政府應當加強航道和港口公共基礎設施、水利工程、市政工程、環境保護設施等建設規劃和項目的協調。有條件聯合建設的，統籌使用建設資金，兼顧航道、港口、水利、市政、漁業、文化旅遊等功能，提高投資綜合效益。第十壹條航道和港口公共基礎設施建設用地、用海應當納入土地利用總體規劃、城鄉規劃、海洋功能區劃，由縣級以上地方人民政府納入土地利用和海域使用計劃。
經縣級以上地方人民政府批準，航道和港口公共基礎設施建設用地可以通過劃撥方式取得。沿線地方各級人民政府應當依法做好航道、港口公共基礎設施建設用地的征收與補償工作。