有些物流企業只關註運輸、倉儲、配送等單個要素的成本，但實際上需要對所有要素進行綜合控制，使物流總成本最小化。物流總成本由運輸、倉儲、配送加工、包裝、裝卸、配送等要素構成。當各成本同時最小時，總成本也最小。但由於“利益矛盾”定律，壹般不可能同時最小化所有成本。要協調整合各個環節，加強物流各個環節的成本控制。如圖1，說明了物流總成本的最小值。
該圖說明了倉儲成本、運輸成本和其他成本(配送加工、包裝、裝卸、配送等要素的成本和管理成本)與倉儲能力的關系，以及當倉儲成本和運輸成本相等時，物流總成本最小，可以得出此時的倉儲能力，從而確定倉儲成本、運輸成本和其他成本的具體值。
1.2運輸合理化
運輸成本在整個物流成本中占有很大的比重，從歐洲發達國家來看壹般占1/3以上，所以運輸合理化也是降低物流成本的重要方法。運輸成本很大程度上取決於運輸量(和儲存量)和運輸方式。對應的運輸量(由庫容決定)按照物流總成本最小的原則確定。當運輸量壹定時，運輸方式成為影響運輸成本的主要因素。
1.3存儲合理化
倉儲成本在整個物流成本中也占了相當大的比重。根據最小化總物流成本的原則確定合適的庫存。在給定庫存的情況下，可以用ABC存貨分類來控制存貨成本；“先進先出”法；集裝箱、托盤集成和其他方法。
除了以上方法，包裝、裝卸合理化也可以降低物流成本，如避免因包裝不足或過度造成商品流通過程中包裝材料的損壞或浪費；可以減少裝卸次數，縮短搬運距離，提高裝卸活躍度，實現裝卸合理化。
2.降低物流成本的策略
除了這些具體的方法，還可以采取壹些措施來控制。
2.1建設現代物流信息系統
企業信息化已經成為壹種必然。企業應構建現代物流信息系統，利用高科技完成整個物流過程的協調、控制和管理，通過網絡實現信息共享，充分滿足各種需求。企業間的協調合作可能在短時間內迅速完成，可以從整體上控制物流成本的可能性。同時建立戰略物流管理體系，使混雜在其他業務中的物流活動成本得到準確計算，而不會將成本轉移到其他企業或部門。
比如海爾物流引入現代信息系統——ERP系統後，訂單從客戶到供應商配送需要10多天，現在1天就可以完成，而且準確率極高。同時，財務人員從傳統的財務工作中解脫出來。
2.2通過供應鏈管理和客戶物流服務管理來降低成本。
供應鏈管理要求企業協調與其他企業、客戶和運輸運營商的關系，以實現整個供應鏈活動的效率。因此，物流部門和其他職能部門應加強成本控制，改善對客戶的物流服務。
2.3通過正確處理退貨來降低物流成本。
退貨成本也是企業物流成本的重要組成部分，因為退貨會產生壹系列的物流成本，而且退回的貨物小而散，貨物入庫和票據處理的業務也很復雜。因此，降低退貨成本是物流成本控制活動中特別關註的問題。
目前大部分企業都有自己的處理退貨的方案和政策，但是由於每個企業的政策不同，經營者的不熟悉，處理退貨的政策指引只能束之高閣。所以企業要讓退貨政策深入人心。美國亞特蘭大供應鏈提供商Manhattan Partnership和其他軟件提供商設計了壹種新的解決方案——“向供應商退貨”模式，可以將所有供應商的退貨管理政策納入計劃。例如，壹家DVD制造商要求壹次退回20張DVD。這意味著企業必須將19件產品暫掛，直到第20件產品到達。但是，該模型可以自動生成揀貨單，並將揀貨單傳送到倉庫管理系統；還有壹些國外企業采用的“敏捷貼標”等措施。通過這些措施，大多數企業可以避免退貨管理中的成本問題。
2.4通過物流外包降低物流成本
企業可以通過物流外包，即第三方物流來降低物流成本。第三方物流是指除供需雙方以外的企業提供的物流服務模式，通過提供壹整套物流活動為供應鏈服務。第三方物流雖然發展時間不長，但已經達到了壹定的成熟程度，能夠給企業帶來很多好處:可以使企業集中主營業務；節約資金，減少資金積壓；減少庫存；提升企業形象。可見，外包的好處不僅僅局限於降低物流成本，企業還可以在服務和效率上獲得很多其他的提升。
冠生園集團是壹家老字號企業，在上海有3000多個網點，經營市外運輸。物流管理非常重要。自行配送和運輸既昂貴又浪費，因此他們實施物流外包戰略。據統計，自冠生園集團委托第三方物流(與洪欣公司簽約)後，以前通過鐵路運輸進京貨物需要7天，現在只需要2到3天，並實行送貨上門服務，僅5個月就節省了40萬元。由於第三方物流配送及時周到，加快了商品流通速度，集團銷售額大幅增長。更重要的是，企業的領導從包裝、運輸等非生產性流程中解脫出來，專心生產，從而更好地開發新產品，提高質量。
此外，企業還可以通過物流標準化，如托盤標準化來提高物流配送系統的運作效率，以降低成本，或者通過配送效率來降低運輸和采購成本，這就需要企業重視配車計劃管理，提高裝載率和車輛運營管理；還要註重人才的培養。