祖先崇拜最初表現為古代人類對母親神的崇拜。中國的母神崇拜源於女媧的“造人出土”說。《山海經·黃達經》記載女媧腸化十神；漢末英紹《風俗依桐》失傳，說女媧是黃土中人；《淮南子蘭銘篇》說女媧煉五色石補天。這些更早的神話記錄都反映了人們對女媧的崇拜。據考古發掘，我國發現的最早的母神雕像是新石器時代紅山文化中的“東山口母神”。遼寧牛河梁紅山文化遺址出土了壹尊女神像，河北灤平縣猴頭子新石器時代遺址下層也出土了6尊女性石像。伏羲之母女媧，身材豐滿，用簡潔誇張的手法極力突出腹鼓、臀肥、胸大、腿粗的特點。大部分都是全身赤裸，面目不清，沒有眼睛，嘴巴，鼻子，耳朵等。它們的腿大多組合成粗錐，有的像棍子，有的托著肚子，給人壹種原始幼稚的美感。這些女神雕像的形象反映了人們對女性生殖功能的崇拜。這種對生命起源的探索和對母親神的崇拜是祖先崇拜的最初表現。
隨著母系氏族社會向父系氏族社會的發展，以及家族中父權制的進壹步強化，女性祖先崇拜逐漸轉變為男性祖先崇拜。中國古代文獻和傳說中記載了很多重要的男性祖先:有朝、隋、神農、黃帝、顏地、顓頊、、堯、舜。據《韓非子·萬物有靈》“古時候人少獸多，百姓對禽獸蟲蛇無敵。曾有聖人以樹為巢，以避群害，民以悅之，使之為天下之王，謚號巢氏。”所以人們把他當作他們的祖先；據《禮記》記載，顓頊是舜的祖先，堯是舜的直系祖先。夏朝也以顓頊為遠祖，以禹為直系祖先。
在這壹系列神話祖先中，黃帝是影響最大的壹個，他被視為整個中華民族的祖先。他不僅在古代受到人們的崇拜，直到現在還接受人們的祭祀。相傳黃帝的母親在地裏看到閃電時懷孕了，懷孕24個月，生下了黃帝。打敗邪惡的蚩尤後，黃帝成為神話祖先中第壹個偉大的軍事領袖。同時，他也是壹個偉大的發明家。據說井、船、銅鏡、房屋、市場、法律、禮儀、音樂、金錢、衣服、炊具、弩、傘都是黃帝發明的。顓頊和帝嚳同黃帝壹樣，是中國古代的祖先。黃帝、顓頊和帝嚳為中華民族的團結做出了巨大貢獻，壹直受到炎黃子孫的敬仰和崇拜。據《山海經》、《離騷》等古籍記載，夏商周各大部落和長江流域的楚人都將其視為遠祖。
《山海經·海內經》說:“顓頊，黃帝之孫，名列文。”黃帝開創了自己的事業，顓頊強調整頓。傳說他12歲加冕，20歲繼位黃帝，在位78年，成就了壹位大學者。他註重內部治理，整合社會，促進中國文化和精神的統壹。他“定了婚，造了婚，研究了男女之別，制定了壹系列社會規則。”使人民生活有序，社會穩定。他創造了歷法，被尊為“歷法始祖”，還創造了九州，初步定下疆域。在他的統治下，當時中國國力鼎盛，疆域遼闊。“月光照其上，是中流砥柱。”據史書記載，舜、大禹、秦始皇都是顓頊帝的直系子孫。
帝嚳是黃帝的曾孫，顓頊的侄子。商人們視帝嚳為他們的曾祖父。《史記》描述帝嚳:“聰知遠，明察微，循天理，知民急，仁者見仁，智者見利，修身齊家，報效天下。”他繼承了顓頊的事業，嚴於政事，尤其以守信著稱。他的兒子們後來成為各部落崇拜的祖先:堯成為五帝之壹，後稷是周部落的祖先，齊成為商部落的祖先。
夏商周時期的民族信仰、政治傳承、社會結構、經濟結構，都是在祖先崇拜中孕育和塑造的。祖先崇拜所維系的民族認同在周朝得到進壹步強化。祖先崇拜在周朝形成了自下而上、自上而下、自外而內的宗法社會網絡。這個網絡使得祖先崇拜有了強大的生命力，成為中華民族在國家形成和鞏固中的民族信仰、民族精神和民族凝聚力，代代相傳。
祭祀祖先是祖先崇拜的壹種非常重要的表現形式。夏商周時期的祖先崇拜儀式表現出高度的等級化特征。他們按輩分依次排列祖先的地位和神權，人們只能祭祀與他們的地位和等級相對應的祖先。只有最高統治者才能祭拜天帝、神話祖先、皇室祖先；皇家貴族有權建立祠堂祭拜遠祖；普通人只能祭奠家裏的至親。