三國時期，吳的航海活動十分活躍，先後出使南陽，登陸臺灣省，加入朝鮮。公元269年，吳國在建安縣所屬的後官縣設置了標船船長，這就是有記載的福建官營造船廠的開始。吳還在浙江閩江口至甌江的沿海地區建造了壹個較大的造船基地，名為造船廠，所造船只名為號。幾十年間，大量海船的建造，為福建的航海活動提供了充足的物質基礎。
西晉滅吳，設晉安縣和縣，保存了吳留下的造船者和文員。東晉末年，浙江的孫恩和魯迅領導農民起義。他們曾在東南沿海造“八槽船”，從江蘇沿海路南下廣州，再順長江而下。戰敗後，魯迅殘存的部隊依然種類繁多，經常住在船上。船頭尖尾高，中間扁寬，被稱為“鳥船”。直到唐武德八年(625)，泉州刺史兼巡撫王藝曈(今福州)才派使臣前來求援。
唐代的福州和泉州是南方主要的造船基地，造船技術有了明顯的進步。《舊唐書》記載，當時來往於福建、廣東沿海的商船，最大載重量可達1000噸，即50至60噸。唐朝中後期，由於中央集權逐漸失去對地方的控制，福建依靠舟楫之利，或從浙江購買糧食、大米，或向鄧、賴等地運送異國的海外貨物。晚唐五代時期，泉州刺史王言彬將海外貿易收入用於公共事業。
宋代中國社會經濟發展迅速，海外貿易也達到高峰。福建和廣州成為建造海船的中心，福州、興化、泉州和漳州建立了官方造船廠。宋二年(1087)，遠離戰亂的泉州逐漸超過明州、廣州，成為中國第壹大港。關於福建帆船特點的記載越來越多。“南方之木適水，故福建為海船之首，其次為粵西船、文明舟。”宋代全國漕運總經理呂頤浩(1071-165438)得出了這樣的結論。宣和五年(1123)，福建人隨同宋朝使臣陸出使朝鮮，撰寫了40卷的地方誌《宣和使朝記》，詳細記述了當時福建的大型帆船“客輪”的物理結構。南宋首次建立第壹支常備水軍，建制不斷擴大。紹興二十八年(1158)，福建路水軍建造了六艘載重2000噸的尖底龍骨海船。
1974年8月，泉州後渚出土壹艘南宋晚期海船，殘長24.2米，殘寬9.15米，殘深1.98米。船上有12塊艙壁板，把船分成13個艙室。這是迄今為止中國規模最大、保存最完好的古代沈船遺跡。經考證，泉州建造了壹艘往返東南亞的三桅福建帆船。泉州宋艦保留下來的尖底造型和龍骨結構、水密艙室結構、多塊船底板和用於控制艉舵升降的絞車，代表了當時中國的造船技術水平。
元朝時，蒙古軍隊向朝鮮、日本、占城、爪哇島等地展開大規模遠征，期間福建領導並建造了大量戰船。1292年(元朝二十九年)，福建平章政要石碧奉命離開泉州後渚，帶著五千將士起航前往爪哇島。據《馬可·波羅遊記》記載，元朝還在泉州組建了壹支14四桅船的船隊，護送闊闊真公主嫁往波斯。泉州後渚港的繁榮達到頂峰，成為東方最大的海外貿易中心。元朝先後來到福建的外國旅行家馬可·波羅和伊本·巴圖塔，在各自的遊記中描述了印度泉州建造的遠洋輪船。這壹時期來中國的印度商船和阿拉伯商船主要用椰繩縫制船體，比福建商船小很多。
明代福建造船業主要有官營、民營和官營三種形式。福州府城東南口是關建船廠的主要聚集地，鄭和下西洋的部分船只都是在福建建造的。福州也是明朝與琉球國家唯壹的交流口岸。以前出使琉球所用的大部分船只都是在福州建造和起航的。其中，琉球在嘉靖以後被冊封五次，留下了詳細的造船航海過程的記錄。
目前最早的“福艦”稱謂，也是出自明代嘉靖至隆慶壹系列專門論述海防的軍事書籍，如《海圖編》、《洗海近況》、《姬曉新書》等，作為福建沿海、浙南、粵東壹系列戰船的統稱。分為大富艦、二富艦、草鏟艦(哨艦)等。於在率部抗擊東南沿海倭寇、海賊的過程中，寫下了近180篇文章、約10萬字的書信、帖子、筆記本、專著等，並編成《洗海近況》兩卷，其中涉及了修建的種類、型號、規模、數量、選材、用銀、人力配置、派誰監督修建等細節。
明代，朝廷實行海禁政策。為了禁止私人海外貿易，嚴格控制民船大小，福建帆船退出了航行了五個多世紀的印度洋，只剩下零星的走私商船在東南亞和東亞艱難謀生，福建造船業和造船技術處於停滯狀態。官方軍艦也回歸沿海巡邏，船型趨於小型化，長度不超過十尺。16世紀初葡萄牙遠征商船在馬六甲、廣州、福建、浙江沿海地區遭遇中國帆船時，其性能已超越後者。
清朝初期，鄭政權和清廷在福建沿海對峙了40年。兩國海軍力量的鬥爭很大程度上體現在對造船材料的爭奪和近海戰艦的建造上。臺灣省被清廷平定後，戰爭中使用的福建炮艇和雙桅船被評為清海軍的主力戰船，分布在沿海各省。後來，在福州，漳州，臺灣省，泉州和廈門建立了軍事造船廠，在內陸水域近海制造大小戰艦。第壹次鴉片戰爭中，福建、廣東、江蘇、浙江海軍倉促建造的軍艦被外國船只擊敗，戰爭失敗。道光二十二年(1842)起，福建、廣東開始以英美船的形式改造近海戰船。福州船政局第壹艘木殼炮艦於1869年試航，中國帆船逐漸被清海軍淘汰。
清朝中後期，由於西方殖民者的東侵和朝廷的限制，在東亞和南亞航行的福建帆船並不多。值得壹提的是，乾隆年間，福建漳州、廈門商人興起在暹羅造船買米，造壹艘200噸載重的大船需要兩三個月。後來，當地華僑甚至暹羅國王投資建造並擁有相同風格的中國帆船。
福建帆船退出海外航線後，主要航行於臺灣省都督和中國沿海南北航線。民國時期，木帆船的數量有所增加。據1938統計，福建省主要船型有28種，5487艘。到1989，全省沿海還剩下233艘木帆船，噸位6122。
90年代，福建帆船終於走到了歷史的盡頭，在大海中徹底失去了蹤跡，只留下殘破的挽歌。