法律、法規對畜禽養殖汙染防治另有規定的，從其規定。第三條畜禽養殖業汙染防治應當統籌考慮生態環境保護和畜禽養殖業健康發展的需要，堅持科學規劃、預防為主、防治結合、綜合利用、公眾參與、損害責任的原則，促進本市畜禽養殖業實現清潔生產、汙染減排、廢物循環利用和生態工業模式。第四條市、縣(市)人民政府負責組織領導本行政區域內畜禽養殖汙染防治工作，加大資金投入，引導和支持畜禽養殖汙染防治和廢棄物綜合利用，並納入政府績效考核體系。
鄉鎮人民政府和街道辦事處應當協助生態環境、農業農村等主管部門和其他有關部門做好本轄區的畜禽汙染防治工作。第五條市人民政府生態環境主管部門負責本行政區域內畜禽養殖汙染防治的統壹監督管理。縣(市)區生態環境管理機構應當在其職責範圍內，依法對本行政區域內的畜禽養殖汙染防治實施監督管理。
農業農村主管部門負責畜禽養殖廢棄物綜合利用的指導和服務，並在職責範圍內做好畜禽養殖汙染防治工作。
發展和改革、工業和信息化、自然資源、住房和城鄉建設、財政、公安、水利、科學技術、市場監督管理等部門應當在各自職責範圍內，做好畜禽養殖汙染防治工作。第六條村民委員會、居民委員會可以組織制定和實施防治畜禽養殖汙染的村規民約、居民公約，對村民和居民進行防治畜禽養殖汙染的宣傳教育。發現本轄區內有畜禽養殖汙染行為的，應當予以制止並報告生態環境、農業農村主管部門或者鄉鎮人民政府、街道辦事處。第七條從事畜禽養殖和畜禽養殖廢棄物綜合利用及無害化處理活動，應當符合國家有關畜禽養殖汙染防治的要求，並依法接受有關主管部門的監督檢查。
畜禽養殖協會應當加強行業自律和誠信建設，防止畜禽養殖汙染。第八條市、縣(市)人民政府應當建立畜禽養殖汙染防治聯席會議制度，統籌規劃和協調畜禽養殖汙染防治的重大事項，研究部署聯合執法、應急預警和善後處理工作。
生態環境主管部門應當建立畜禽養殖汙染防治數據庫，實現信息共享。農業農村主管部門應當提供畜禽養殖場(養殖小區)、專業戶、散養戶的名稱、養殖地址、規模、品種、廢棄物綜合利用等數據。數據庫應當公開，向公眾開放，接受社會監督。第九條任何單位和個人有權向生態環境、農業和農村等有關部門舉報畜禽養殖汙染。有關部門應當公開舉報方式，接到舉報後及時依法處理，並在十個工作日內反饋給舉報人。
受理舉報的部門應當為舉報人的相關信息保密，保護舉報人的合法權益。第二章規劃與預防第十條市、縣(市)人民政府農業農村主管部門應當編制畜牧業發展規劃，報本級人民政府批準後實施。畜牧業發展規劃應當協調環境承載能力和畜禽養殖汙染防治要求，合理安排和科學確定畜禽養殖品種、規模和總量。第十壹條市、縣(市)區生態環境主管部門(機構)會同農業農村主管部門，編制畜禽養殖汙染防治規劃，報同級人民政府批準後實施。畜禽養殖汙染防治規劃應當與畜牧業發展規劃相銜接，統籌考慮畜禽養殖生產布局，明確畜禽養殖汙染防治的目標、任務和重點區域，明確重點汙染治理設施建設、廢棄物綜合利用等汙染防治措施。第十二條市、縣(市)區生態環境主管部門(機構)應當會同農業、農村、自然資源、水利等部門，依據法律法規和相關技術規範的規定，劃定或者調整轄區內畜禽養殖禁養區和限養區，征求公眾意見，報同級政府批準實施，並向社會公布。第十三條禁養區禁止畜禽養殖場(養殖小區)和專業戶從事養殖活動；縣級以上人民政府應當責令拆除或者關閉已建成的畜禽規模養殖場(養殖小區)和專業戶圈舍。
畜禽養殖屠宰總量控制在限養區內，不得新建、擴建畜禽規模養殖場(養殖小區)，不得增加汙染物排放。畜禽養殖控制總量和汙染物削減總量由市生態環境主管部門會同市農業農村主管部門根據區域(流域)環境承載能力確定。
禁限養區外的畜禽養殖應當符合畜牧業發展規劃和畜禽養殖汙染防治規劃，落實汙染防治措施，推進生態養殖，支持規模化、標準化養殖，鼓勵由分散養殖向集約化養殖轉變。