常用單味中藥藥理研究是中藥藥理研究的重要內容。仍以對整體動物藥理效應觀察及對器官、組織、細胞的影響等為主，現代生物技術如分子生物學研究方法 也受到廣泛關註和應用。研究的藥味相對集中，以補益藥、活血化瘀藥居多，不少常用中藥的新藥理作用機理被揭示。
冬蟲夏草 研究發現黃芪對自然衰老大鼠腦皮質、海馬、紋狀體3個腦區降低的M膽堿受體和M1亞型受體密度有顯著的上調作用，並可調節老年大鼠血漿環核苷酸含量；衰老大鼠心肌β受體密度及T3、T4、皮質醇含量均降低，黃芪、人參、枸杞子可升高之；對肝硬化大鼠存在的下丘腦血管加壓素系統異常有改善作用；可以明顯提高腎病綜合征大鼠血漿白蛋白水平，改善腎小球濾過率和尿鈉排泄；對環磷酰胺所致免疫功能抑制小鼠細胞毒活性有顯著增強作用，並可能 通過調控巨噬細胞C1q的分泌功能來增強免疫和抗腫瘤作用；還發現黃芪煎劑及含黃芪小鼠血清均對小鼠脾淋巴細胞增殖、混合淋巴細胞培養反應及IL-2的產生有促進作用。冬蟲夏草水提液能降低正常心肌細胞內Ca2+ 的濃度，減輕缺氧再給氧時細胞內Ca2+超載現象，並明顯減輕缺氧再給氧時細胞內脂質過氧化。紅參在預防高血壓性視網膜動脈硬化起重要作用，能使內皮細胞膜的光整性、細胞器的結構及內皮細胞分泌各種血管舒縮 物質保持正常，抑制平滑肌細胞的異常增生，還有擴張血管、減少外周阻力及調節血壓的作用。生地黃可明顯抑制皮質酮致“陰虛”模型小鼠巨噬細胞Ia抗原的高水平表達，降低其提呈抗原能力，從而表現出壹定的免疫抑制作用。丹參註射液可明顯降低缺血再灌註引起的大鼠腦水腫，減少腦皮層及海馬組織丙二醛含量，提高過氧化氫酶、超氧化物歧化酶活性和還原型谷胱甘肽、三磷酸腺苷的含量。 復方是中醫用藥的主要形式，以中醫藥理論為指導，運用現代科學手段，對古方和現代經驗方進行多指標的系統藥理研究，可以在更深的層次揭示方劑的治療原理，有效地指導臨床用藥和中藥新產品研創。中藥復方在藥效學、藥代動力學和分子藥理研究等方面取得了較好的進展。
藥理實驗 古方的藥理研究有數十首，其中桂枝湯、六味地黃湯、四君子湯、四物湯、大承氣湯、補中益氣湯、當歸補血湯等研究較多。在古方研究中較多地探討了方劑的作用機制，給方劑的傳統功效描述賦予現代藥理學內容。如桂枝湯可能通過影響興奮胃腸運動的胃泌素、胃動素、P物質以及抑制胃腸運動的生長抑素、血管活性腸肽等在下丘腦和胃腸道中的含量來調節胃腸運動；桂枝湯對與呼吸道感染有關的10株病毒致細胞病變均有不同程度的抑制作用，其含藥血清能抑制單純皰疹病毒等4株病毒對Hep-2細胞的增殖。當歸補血湯含藥血清隨給藥劑量增加可使造血祖細胞集落數明顯增多。將六味地黃湯方視為壹個整體，以活性評價為導向，從六味地黃湯中定向追蹤分離，獲得了具有調節免疫功能的活性部位，該部位對TH及TC的功能有調節作用。這些研究都在壹定程度上說明了方劑的作用原理。經驗方的藥理研究開展得更為廣泛，其研究內容多結合新藥研究的有關要求，著重於藥效及安全性評價，不少方劑已經或即將開發為新藥。
配伍是中醫用藥的特點和優勢所在，用藥理研究方法觀察方劑配伍與藥理效應變化之間的關系，探討方劑的配伍規律，仍然是復方藥理研究的重要內容。雖然還是以方劑藥味加減 、正交設計等方法為主，但在應用中也有明顯提高，采用壹些新方法來更好地分析方劑的配伍問題。關於復方配伍規律的基礎研究99年納入國家自然科學基金重點研究 項目，強調運用高新技術手段探討方劑的物質基礎，綜合分析配伍-化學成分變化-藥理效應三者之間的聯系，闡明配伍內涵，成為新的探索方向。生脈散復方化學動態變化與藥效關 系研究表明，各藥配伍後藥效的變化可能與產生新物質有關。以方劑的物質基礎研究為核心，註重方劑配伍理論與現代藥理交互作用理論結合，物質基礎分析與藥理效應觀察相結合，從組成方劑的單味藥、方劑的化學部分以及化學成分三個層次探討方劑的配伍與物質基礎的變化的關系，在整體動物、器官組織、細胞亞細胞及分子生物學四個水平上探討方劑的配伍、物質基礎的變化與藥理效應間的聯系，已成為復方配伍研究的基本思路。 中藥的品種、產地、采藥季節、貯藏條件及劑量、劑型、給藥途徑等，均對中藥作用的發揮有著顯著的影響。
（1）中藥基原（原植物、動物和礦物）的影響
中藥材絕大多數是中國自產的，少數為移植或進口的。在品種上，歷代本草著作中屢有增加。不少本草書指出了歷史上中藥品種的混亂情況。故對其進行認真的考證、分析、鑒定的工作，是十分重要的。例如，中國用的貫眾、獨活、厚樸等中藥，就來源於20多種不同種屬植物；同壹中藥大青葉，各地用的藥材又有不同，有蓼科蓼蘭、十字花科松蘭、爵床科馬蘭、馬鞭草科大青等，藥用部分也有用葉及帶葉莖枝的不同。而且，同名異物的現象也很普遍。由於品種不清，其化學成分的含量和藥理作用均有差異。
（2）中藥產地及采集季節的影響
人參 a) 中藥產地：藥材產地對藥物質量和療效有著直接關系，為歷代醫家所重視，自古即有“道地藥材”的講法。中藥之中大部分為植物藥，自然生長環境具有壹定的區域性，各地區的土壤、水質、氣候、雨量等自然條件都能影響藥用植物生長、開花、結果等壹系列生態過程，特別是土壤成分更能影響中藥內在成分的質和量。《神農本草經》記載的記載的“采造時月、生熟、土地所出、真偽、陳新，並各有法”和《新修本草》說的：“離其本土，則質同而效異；乖於采摘，乃物是而實非”。都很強調產地。產地不同，同壹植物所含有效成分不完全相同，從而使藥理作用有別，臨床療效不穩定。如長白山的野山參，東北各省與朝鮮、日本的園參，不但含人參總皂甙的量不同，而不同皂甙單體的含量也不壹樣。又如人參莖葉中皂甙含量在吉林省七個產地所得樣品，含量差別相當懸殊。不同產地及不同加工方法，以人參提取物的得量也不同。
b) 采收季節：不同植物的根莖、葉、花、果、種子或全草都有壹定的生長和成熟期，故采藥時間的采收方式則隨著中藥的品種和入藥部位而有不同。中國幅員遼闊，從寒帶至亞熱帶，氣候差異很大，故采藥時間按照當地習慣因地制宜，但要選擇藥用植物有交效萬分含量最高時采收。有效成分的含量隨不同生長季節及不同入藥部位而異，如人參中皂甙以八月後含量最高，麻黃中生物堿秋季含量最高，槐花在花蕾時蘆丁含量最高，青蒿中青蒿素的含量以七月中至八月中花蕾出現前為高峰，應在開花前采收，薄荷在部分植株開始有花蕾時，揮發油含量大。古人采藥全憑經驗，《本草經集註》序錄說：“凡采藥時月…… 其根物以二月、八月采者，謂春初津液始萌，未沖枝葉，勢力淳濃故也；至秋枝葉幹枯，津液歸流於下…… ”《本草蒙筌》說：“實已熟，味純；葉采新，力倍。”以臭梧桐的降血壓作用為例，在五月開花前采摘的葉，對動物的降壓作用強，開花後所采集的葉，降壓作用減弱。再以人參為例，季節變化對園參根中皂甙和糖分含量有顯著影響，故采收應在6～9月，而不應在冬季。
（3）藥用部位的影響：不同的藥用部位所含化學成分的質和量都可能不同，所以其藥理作用也不同。曾有人比較研究了各地所產白參、紅參的不同部位的人參皂甙含量，發現有較大差異。又如麻黃生物堿的含量，以麻黃莖的髓部含量最高，麻黃節中含量較少，而根中則不含生物堿。
（4）貯藏條件的影響：《本草蒙筌》說：“凡藥貯藏，宜常提防，倘陰幹曝幹烘幹未盡去濕，則蛀蝕黴垢朽爛，不免為殃。”貯藏不當，要黴爛變質、走油、蟲蛀，會直接影響藥理作用和醫療質量。所以要選擇適宜的堆放場所，加強倉庫管理工作，註意特殊藥材的保管（如貴重藥材、芳香性及膠類藥材等），還要定期檢查，防治蟲害。貯藏不當，也可使含揮發油的藥材氧化、分解或自然揮發（如樟腦、冰片、麝香）而使藥效降低。有的成分會因存放時間長，而被酶所分解等。
（5）炮制的影響：炮制前後，藥材的成分質和量會有所變化，藥理作用和臨床療效可因之不同。《本草蒙筌》曾從臨床經驗指出：“酒制升提；姜制發散；入鹽走腎而軟堅；用醋註肝而住痛；乳制潤枯生血；蜜制甘緩益元……。”
小鼠中藥炮制從以下壹些方面影響藥理作用：
①減毒，去毒。如半夏“生令人吐，熟令人下。”生半夏對胃粘膜有強大的刺激作用，故致嘔吐；姜半夏卻顯示鎮吐作用。
②增效，如杜仲含大量杜仲膠，生杜仲煎出的有效成分甚少；炮制後則膠質破壞，故炒杜仲煎劑降低血壓較生者為強。
③改變藥材成分的組成，加強或突出某壹作用。如生大黃主要有瀉下作用，炮制後的制大黃卻出現較強抗菌作用。
④改進切制工藝，增加藥效。藥材炮制加工過程，可影響其內在成分，直接關系到其藥理反應的性質和強度。
（6）劑型和制劑的影響：同壹種中藥制成不同劑型，由於制造工藝和給藥途徑不同，往往影響藥物的吸收和血液濃度，直接關系到藥理作用的強弱。《神農本草經》指出“藥性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒漬者，宜膏煎者，亦有壹物兼宜者，亦有不可入湯酒者，並隨藥性，不得違越。”說明古人早已註意到劑型對藥效的影響：如枳實或者青皮煎劑口服，未見升高血壓記載，但制成註射劑靜脈註射，卻出現強大的升壓作用。
《本草經集註》記載的“合藥分劑法則”，對藥衡、切制要求、劑型、制藥方法，直至用蠟用蜜等，都有壹定規定。現代制藥，要求更高，同壹中藥或復方，即使劑量相等，劑型相同，但臥於各藥廠生產制劑的工藝不同，療效和毒性也往往有所區別。甚至同廠不同批號的產品，也不盡相同。為了保證不伺批號不同藥廠的同名產品有相同的療效，應當采取壹定措施加強質量控制。制劑均按《中華人民***和國藥典》規定或各省市衛生局批準的藥品標準執行。對指導中成藥制劑和統壹產品的規格，起到良好作用。 機體因素也是影響藥理作用重要因素，它包括生理情況、病理狀態等。
（1）生理情況的影響：體質、年齡、性別、情誌等，對藥物的作用發揮，影響甚大。中醫學很強調秉賦不同對藥效的影響。意指遺傳因素、身體素質對抗病能力及藥物反應，存在較大差異。臨床上也存在不同種族或不同個體，對某藥的治療劑量相差多倍的現象。這種存於種屬或種族間的不同，稱為種屬或種族差異；存在於個體之間的差異，叫做個體差異。年齡不同，對藥物的反應也不同。少兒期與老年人對藥物的反應與壹般成年人有區別。 少兒期正在發育階段，許多器官、系統的發育尚未完善，老年人肝腎功能普遍減退，都會影響藥物的體內代謝及排泄功能，故用量應適當減少。中醫學認為老年人體虛，對藥物的耐受力較弱，故用攻病法邪藥物時宜減量使用；幼兒稚陽之體不能峻補，故小兒不宜用參、茸驟補。不同性別，對藥物的反應也有明顯差異，婦女壹方面因體重差異，壹方面由於激素的影響，對某些藥物的敏感性頗有不同。如定坤丹、調經丸、烏雞白鳳丸適用於婦科；而催吐藥、峻瀉藥則禁用於孕婦。情誌、精神狀態對藥物的作用也有影響。所謂喜、怒、憂、思、悲、恐，驚等七情對藥物作用的發揮，顯有影響。
黃芩 此外，藥物的個體差異，有量的和質的兩種表現。既有藥理學上所謂高敏性、耐受性；也有極個別病人對某種藥物發生的過敏反應。如口服人參糖漿，靜滴生脈液等，都有過敏反應的報道。
（2）病理狀態的影響：病理狀態也可以影響藥物的作用，例如黃芩、穿心蓮等藥，對正常體溫並無降低作用，只有發熱病人用後，出現解熱作用。又如五苓散在實驗中對犬和小鼠不出現利尿作用，但對臨床上患有水腫、小便不利的病人，則具有利尿作用。肝腎患病，功能減弱，可以影響藥物體內的代謝過程，往往使藥物的作用時間延長。還有人工發熱動物模型所篩選出來的具有退熱作用的中藥，臨床用於病人不夠滿意，如穿心蓮；也有壹些清熱藥對病人甚效，而實驗結果並不壹定理想，如白虎湯。這也說明動物模型與人的疾病之間，還存在某些差異。 環境對藥物的影響，也為眾所周知。例如地理條件、氣候寒暖、飲食起居、家庭環境、居住部位，都對人的健康有較大影響。人被環境影響精神不舒時，可直接影響藥物的治療效果。壹般在四肢運動時，腹腔內臟的血流量減少，這對壹些腹部疾患的恢復是不利的。此外，在肺部炎癥時，如被迫過多勞動，可使炎癥向周圍組織擴散，病情惡化。
根據生物活動表現的晝夜節律，體溫、腎上腺素、皮質激素分泌等的晝夜波動，常與外界環境的晝夜變化有關。藥物作用也常皇現此種晝夜節律，例如附子、烏頭，通過測定其所含烏頭堿量及參附註射液的急性毒性，證實動物對其敏感性存在晝夜節律。烏頭堿的毒性午時（13點）最高（66．7%）；戌時最低（13．3%），兩組差異顯著。參附註射液靜脈註射，子時LD50值為9．8629/kg，午時為8．308/kg。又如雷公藤的醋酸乙酯提取物是壹治療類風濕關節炎的藥物，於24小時內按不同時辰，每4小時給小鼠分組給藥，觀察給藥後壹周內的死亡率，發現其毒性具有明顯的時辰節律，以中午12點給藥者死亡率最高，20點至次晨8點給藥者死亡率最低。