“中國生態學”是利用現代生態學的概念和研究成果對中國古代生態學的整理和發展，是在繼承中國古代生態學思想成就的基礎上再創立的生態科學體系。“中國生態學”與“生態學”既有緊密聯系又有區別，是新的科學理論體系。“中國生態學”是中國特色的生態學理論，是對我國古代生態學的理論提升、應用與拓展。由於中國文化的特殊背景，其獨特的概念體系和思維模式賦予“中國生態學”以新的理論形態，她具有壹些不同於當今“生態學”的新思想觀念和新的科學概念，擁有獨特的科學理論和模型方法，有望為“生態學”開創新的應用領域和應用價值，推動生態學理論的發展，擴大生態學的研究範圍，進壹步提高生態學的科學地位。
我們認為，中國文化與西方文化的理論思維差異主要體現在“元氣論”和“原子論”上，中國傳統文化和中國傳統科學的最大優勢是“整體論”思想。中國文化特有的思想優勢以及中國古代科學所特有的研究方法是我們創立“中國生態學”的理論基礎。
“道”和“氣”的概念是中國文化的基本概念，反映了中國文化的核心思想，然而其科學意義始終未能得到很好的說明。“壹陰壹陽之謂道”、“氣者，道也”，這是古人的定義。我們在古人的基礎上指出了“道”、“氣”概念不僅僅是哲學範疇的問題，它也是生態學原理，揭示其科學基礎，賦予其科學定義，顯示其科學意義（見第四章），這是《中國生態學》中的核心問題，也是理論上的壹大突破。我們認為，“道”就是“整體性”，所謂“道理”就是“整體性原理”，是整體把握宇宙、自然、生命、生態、社會和人生的壹種基礎理論和科學方法。“氣”就是能量和信息，在“氣”的概念基礎上形成的“元氣論”與西方思想文化史上的“原子論”壹樣，都具有極其重大的科學意義。“原子論”是機械論思想，“元氣論”是整體論，“原子論”反映了靜態的分析思想，“元氣論”反映了動態的綜合思想。“元氣論”是生態觀（過去說是“有機整體觀”），“原子論”是壹種非生態的物理觀。我們把“元氣論”、“整體論”和“道統論”作為《中國生態學》的基本理論（第五章），這是對於“道”和“氣”的科學內涵進行了生態學的初步研究。根據中國生態學的理論特點，中國生態學的概念體系具有關聯性和整體性。在第四章中，通過五行概念和八卦概念的分析，討論了古代漢語和中國古代科學的壹些重要特點，重點探討了“金木”、“山水”、“乾坤”等基本概念的模型特征和科學意義。
在當代生命科學中，分子生物學和生態學代表了兩大方向。基因組學和蛋白組學是當前分子生物學革命的核心，系統生態學則是生態學革命的核心。中國古代提倡的整體性原理正是現代生態學的核心思想，現代生態學的“顛覆性”特征意味著她對人類的深刻影響，從生命的整體性特征來看，只有從生態學角度才能夠真正了解生命的本質。（第二章）。然而，現代生態學和生命科學都陷入了壹個極其嚴重的困境，“還原論”與“整體論”之間的深刻矛盾，“機械論”在科學方法論中的傳統影響根深蒂固，使得認識生命本質問題舉步維艱，為此，建立真正意義上的“系統論”和“整體論”的科學理論方法已經迫在眉睫（第二章）。眾所周知“中醫”就是整體論的典型，這就是中國古代科學方法的優勢。本書廣泛應用了中國古代科學中的整體論，它特殊的科學方法和模型方法是 “中國生態學”剖析問題的利器。
中國人的生態學觀察和生態學思想具有非常悠久的歷史傳統。在多方面滲透著生態學的思想，影響中國古典詩詞和繪畫中的生態學問題就很突出，例如我們在第八章中有較多有關詩詞的論述，它說明古代生態學思想對於中國文學的特殊影響並賦予它所特有的科學內涵與科學價值。中國古代生態學是中國文化中不朽的靈魂，中國文化的生態學性質增添中國人無限的想象力和永恒的思想活力，中國傳統文化中的勃勃生機是中國文化長盛不衰的根本原因，也是中華民族生生不息、萬古長青的內在動力。
中華大地具有特殊的地理氣候特征，背靠世界屋脊青藏高原，面向全球最大的海洋，有廣闊的大草原，有適宜農耕的江河平原，有養育珍禽異獸的熱帶、亞熱帶、溫帶森林，典型而又強大的穩定季風，把春夏秋冬和東南西北密切聯系起來，寒來暑往，風雨隨時，日月相推、四季交替，山川縱橫、丘陵起伏，日月“西行”、江河東註，生態系統的完整性、多樣性和有序性得到了充分的體現。這是陰陽理論和五行學說、八卦理論和《周易》的產生環境背景；四面八方，五行九州，具有極其明顯的生態學區分，這就為陰陽五行模型和陰陽八卦模型的創立提供了觀察對象和思維基礎。