為了規範會計電算化的運行，從1994至今，財政部先後頒布了《關於大力發展我國會計電算化的意見》、《會計電算化管理辦法》、《商用會計軟件評價規則》、《會計軟件基本功能規範》。但是，很多實行了會計電算化的單位，無論是單位領導，還是單位財務部門的會計人員，都沒有意識到這些專門針對會計電算化的規定。甚至壹些地方的經濟管理部門都不知道這些規定的存在，會計電算化的實施基本都是會計軟件公司安裝，幫助會計人員知道如何操作。所以在實際操作中有時已經違規了，但操作人員不清楚，單位領導也不清楚。同時，也沒有相應的部門對其進行糾正，更談不上部門的監督管理。對此，各級財政部門要加強對會計電算化法規的宣傳、指導和監督檢查。同時，應根據財政部的有關規定和本單位的實際情況，建立內部會計電算化管理制度。
第二個問題:會計電算化的數據備份不足
根據財政部頒布的《會計電算化管理辦法》，實行會計電算化的單位，新的經濟業務內容經過會計電算化處理後，應當堅持當天備份，做到雙備份，單獨列帳、分別保管。但在實際工作中，經常會出現以下情況:壹是部分電算化操作人員沒有養成每天備份的習慣，所以壹旦機器出現故障，就會丟失部分會計數據。二是很多電腦化操作人員無法定期檢查備份的數據盤，出現問題也沒有相應的補救措施。第三，習慣性使用軟盤備份。目前絕大多數財務軟件只支持軟盤備份，但軟盤存在容量小、易出故障、成本高等缺陷。隨著光盤存儲技術的成熟和價格的逐步下調，實行會計電算化的單位應選擇兼具軟盤備份和光盤備份功能的財務軟件。
第三個問題:電算化使用的財務軟件良莠不齊。
由於財務軟件的開發未能執行統壹的標準，而且單位使用的財務軟件都是從軟件開發商處購買的，甚至有些軟件開發商創造性地創造了自己的特色，導致會計電算化使用的財務軟件混亂，甚至同行業不同單位使用的財務軟件也不盡相同。不同的財務軟件有不同的數據接口和使用方法，導致報表匯總、數據查詢和數據傳輸不便。從國外的情況來看，在壹些會計電算化做得比較好的國家，基本都是通過行業會計協會制定統壹的財務軟件標準，甚至有的國家通過政府行政手段直接規定哪些行業必須使用哪些財務軟件。這樣，國家有關經濟管理和監督部門可以通過網絡方便地進行財務檢查，分析專項資金和專項資金的使用情況，單位也可以利用網絡及時傳遞財務報告。
問題四:急於還清賬戶。
轉儲賬戶是指會計主體實行電算化會計後，直接利用計算機進行會計核算和財務分析，停止手工記賬。會計電算化有壹定的基礎。有的地方，財政部門為了防止草率逃賬，明文規定:實行電算化會計的單位逃賬，必須由財政部門或財政部門委托的社會中介機構受理並確認。但是，許多實行會計電算化的單位錯誤地認為，實行會計電算化後就不需要立即手工記賬了。對此，我們各級會計管理機構——財務部門——應該檢查驗收，幫助單位認識到盲目拋賬的危害，在拋手工賬之前壹定要慎重考慮。按照財務部門制定的規定，我們會在確認確實可以拋的情況下，再決定拋賬。
第五個問題:重視財務軟件的技術性，忽視其實用性。
目前很多公司在購買財務軟件時，往往喜歡購買最先進的產品，而忽略了自身的情況和需求。當前會計電算化市場出現了許多新概念，如“網絡財務軟件”、“會計信息軟件”、“網絡財務軟件”等。有許多單位實行會計電算化。在選擇財務軟件時，往往只聽標題，而未能結合自身需求。如果只考慮財務軟件技術的先進性而忽略自身情況，壹方面會導致資源的浪費，另壹方面又會因為財務軟件的復雜性而難以操作，適得其反，影響本單位會計電算化的進程。
第六個問題:會計電算化工作存在較大隱患。
目前，我國許多地方對會計電算化的安全重視不夠。縱觀當前我國會計電算化工作中存在的安全問題，主要有以下幾個方面:壹是在自行開發或委托開發的軟件的開發設計中，開發設計人員未能對其進行全面、科學的設計，導致所設計的財務軟件與會計工作實際脫節，導致錯誤頻發。二是會計電算化的具體操作者未能遵循壹定的程序，導致會計數據的丟失或錯誤。三是普遍實行會計電算化的單位財務人員，對計算機病毒的入侵意識不強，未能采取有效措施防止病毒和“黑客”的入侵。四是會計檔案形成和保管過程中存在風險。主要是在壹些實現會計電算化的單位，他們的會計檔案是用針式打印機打印的。壹段時間後，字跡往往會褪色，達不到要求的保存期限。在這方面，壹方面可以用激光打印機打印，另壹方面可以用電子賬本來彌補其不足。
第七個問題:對會計電算化的作用認識不夠。
財政部明確規定，到2010年，全國80%以上的基層單位基本實現會計電算化，但很多地方會計電算化的進程遠不理想。壹個重要原因是對會計電算化的作用認識不足。會計電算化的管理部門未能把它放在應有的位置，基本上認為會計電算化是單位自己的事情，財務部門不應該幹涉，所以未能有效推進；單位領導認為會計電算化就是給財務部門買壹臺微機。手工記賬和微機記賬有異曲同工之妙，但是用微機打字記賬就清楚了，打字出來的賬比手工記賬好。做不做無所謂。單位財務部門很多人誤認為實施會計電算化只是壹種形式，以至於有些單位花錢買了軟件卻並不真正使用。實現會計電算化不僅是記賬技術的壹次革命，也是會計學科本身的壹次偉大革命，可以使會計人員從繁瑣的記賬、核算、報賬中解脫出來，把更多的時間和精力用於資金管理和資金分析，為科學決策提供可靠的分析數據，促進單位經濟業務的發展。
問題八:財務軟件市場秩序不規範。
主要表現在以下幾個方面:目前壹些從事財務軟件銷售和代理的公司往往只註重自身的經濟效益，追求數量上的突破，而沒有真正在服務和技術上下功夫。導致壹些實行會計電算化的單位經常因購買的財務軟件不合格而倒閉，但問題無處可問、無人問津，嚴重影響了會計電算化的發展。因此，我國有關部門應盡快制定壹些具體的法律法規，加強對財務軟件銷售公司和開發商的管理，進壹步規範會計電算化軟件市場。