內部審計包括內容：
壹、財政財務收支審計
同外部審計相比，內部審計實施的財政財務收支審計僅限於對本部門、本單位及所屬各部門、各單位財政財務收支進行的真實、合法和效益審計。由於各部門、各單位的資金來源狀況及資產、負債管理情況不盡相同，內部審計的重點也各不相同。對有國家財政資金介入的部門、單位，不僅要審查其自身財務狀況，還須重點檢查財政資金的使用渠道和使用方向。
1.行政單位的內部財政財務收支審計，重點是各級國家權力機關、行政機關、審判機關、檢察機關、各黨派、社會團體及其在境外的派出機構的行政經費、罰沒收入和行政性收費的真實、合法和效益性。
2.事業單位的內部財政財務收支審計，重點是各項事業經費收支的真實、合法和效益性，包括用於科學、教育、文化、衛生、廣播影視、地震、體育、民政、外交及農業、工業、交通、郵電通訊、商業貿易、工商行政、商品檢驗等各項事業發展的經費。這裏，既包括財政預算撥款的審查，也包括財政預算外安排的各項資金、事業周轉金和事業性收費的審查。
3.企業單位(包括金融企業)的內部財政財務收支審計，重點是其資產、負債和損益的真實、合法和效益性。審查的主要內容：企業制定的各項制度是否符合國家有關法律法規的要求；企業壹定時期內擁有的資產、承擔的債務、經營成果及其分配情況的真實、合法性；企業占有的國有資產的安全、完整和保值增值情況。
二、經濟效益審計
財政財務收支審計是內部審計的基礎，經濟效益審計則是內部審計發展到現階段的特殊內容。而且，隨著市場經濟競爭的加劇，質量和效益已成為每個企業發展的直接決定力；通過內部審計找出經營管理中存在的問題，提出改進措施，以提高經濟效益，也成為企業管理者設置內部審計機構和人員的主要目的。內部審計人員在財務收支審計的基礎上進行效益審計，有許多方便之處：壹是熟悉本單位情況，可以有針對性地做深入細致的調查工作；二是有足夠的時間深入生產經營的各個環節，及時取得有關資料和信息；三是內部審計的相對獨立地位，有利於提供客觀、真實、可靠的信息，更好地為改善本部門或本單位的經營管理、提高經濟效益服務。
1.行政單位內部審計所進行的經濟效益審計，是結合行政單位財政財務收支的真實性、合法性審查，通過對行政經費使用情況的檢查和分析，促使行政單位節約開支，提高行政經費管理水平，提高行政效能，同時也促進行政單位的廉政建設。
2.事業單位內部審計所進行的經濟效益審計，是結合事業經費籌集、管理、分配和使用等財政財務收支活動的真實性、合法性審查，通過對事業經費使用情況的檢查和分析，促進有關事業單位加強事業經費的管理，提高事業經費的使用效益。
3.企業單位(包括金融企業)內部審計所進行的經濟效益審計，主要從改進生產經營和完善內部管理制度兩個方面入手。壹方面，內部審計通過對企業供、產、銷各環節，人、財、物各要素的檢查、分析，提出建設性意見，可以幫助本部門、本單位負責人制定改進生產經營的措施，提高經濟效益；另壹方面，內部審計通過評價本部門、本單位的內部控制，發現管理缺陷，提出管理建議等手段，可以幫助本部門、本單位完善內部管理機制，提高經濟效益。
三、經濟責任審計
經濟責任審計是指審計人員依法對經濟責任人所承擔的經濟責任的執行情況進行的審查。內部審計人員進行的經濟責任審計，是結合日常的財政財務收支審計及經濟效益審計進行的，壹般側重於經營責任目標的審計；並通過審計資料和信息的積累，為離任責任審計服務。內部審計人員在執行經營責任目標審計時，首先通過分析企業盈虧指標、國有資產保值增值指標、業務經營指標和企業職工收入分配指標及各項指標的影響因素，確定審查的重點；然後再抓住幾個關鍵的指標，進行局部審查以便及時找出錯誤所在，糾正偏差，改進提高，最終促進任期經營目標的實現。