新的發展，只有通過科技體制的不斷創新，才能從根本上解決長期存在的“兩張皮”現象，為企業技術創新活動的組織實施和過程管理提供必要的支撐和保障。
創新理論的鼻祖熊彼特認為，任何新產品的推出，新生產方法和技術的引入，新市場的開辟，新原料或半成品來源的獲得，都是創新。按照這個定義，企業的成本、質量、產品差異、品牌形象、先進的組織形式都是建立在創新的基礎上的。壹方面，創新提高了物質生產要素的利用率，減少了投資；另壹方面，通過引進先進設備和技術，降低成本。因此，創新在提高產品質量和實現產品多樣化戰略中起著重要的作用。同時，只有通過創新，才能形成企業獨特的品牌優勢。創新還可以促進企業組織形式和管理效率的改善，使企業不斷提高效率，適應經濟發展的要求。在知識經濟時代，企業只有不斷調整產品結構，提高技術水平，不斷創新，才能在激烈的競爭中立於不敗之地。從這個意義上說，創新是企業生存和發展的必要前提，是企業活力的不竭源泉。
《中央關於科技體制改革的決定》頒布以來，我國在科技體制改革方面進行了許多探索和實踐，取得了顯著成效。但是，與知識經濟的要求相比，還存在許多不足。首先，政府和企業的角色錯位沒有得到根本糾正，仍然沿襲著計劃經濟時代國家主導的投資體制。各級政府投入的發展資金占總投資的70%以上，而企業的投入只占30%。在美歐發達國家和新興工業化國家，企業的R&D投資約占R&D投資總額的70%。第二，技術創新主體的錯位依然存在。目前，我國技術創新的主體仍然是科研院所和高等院校。這種主體的錯位，使得科技成果的供需結構性矛盾無法得到根本解決，成果轉移成本大大增加。同時，由於科研經費和科研人員主要集中在科研院所和高等院校，不直接面對市場，不太關心科研成果能否轉化為生產力，沒有足夠的資金和市場開發能力將技術創新成果推向市場，所以很多科研成果被束之高閣。針對科技體制中的這些不足，重新認識市場經濟條件下的創新規律，有效推進科技體制創新，是迫切要求。
在市場經濟條件下，根據人們對技術創新經濟學的研究，最基本的規律是企業必須成為技術創新的主體。這種主體性主要表現在三個方面:壹是企業要成為技術創新投資的主體；第二，企業要成為研發的主體；第三，企業要成為利益分配的主體。企業作為技術創新的投資主體，可以在國家產業政策的宏觀指導下，根據市場需求和市場競爭格局的變化，自主選擇適合自身發展目標的創新項目，自主籌資、融資和投資，自行承擔相應風險，不受政府管理部門的幹預。企業作為研發的主體，意味著研發工作主要在企業內部進行。在傳統體制的影響下，壹些國有企業尤其是大中型企業雖然也有研發機構，但無論是人力資源還是物力資源的投入都不足。同時，由於企業沒有成為研發主體，研發活動主要不在企業內部進行，導致科技成果與企業生產經營脫節，很多科研活動沒有明確的商業目的，導致科研成果多但新產品少，先進的獲獎科研成果和落後的企業產品少。企業作為利益分配主體，在按規定納稅後，有權自主分配技術創新的收益。這樣，企業既能有效補償技術創新的投入，又能有效激勵研發人員，特別是對技術創新做出突出貢獻的研發人員，實行特殊的獎勵機制。再者，企業可以根據有效經濟學原理建立有效的研發組織，按要素和貢獻分配報酬，鼓勵研發的有效增長。
走到這壹步，企業不僅需要政府的努力，更需要轉變觀念。在國家政策的指導下，從企業實際出發，大膽創新，掌握創新的主動權，抓住市場機遇和技術機遇，做出適合自身企業的創新決策，不斷提高創新水平，真正成為技術創新的主體，從而走出壹條適合自身發展的創新之路，使企業始終保持旺盛的生命力，不斷取得新的發展。在這方面，武漢健民集團進行了有益的嘗試，並取得了壹定的成效。
自20世紀90年代以來，武漢健民集團率先認識到經濟壹體化形勢下世界中藥產業的發展趨勢，並探索出壹條成功的發展道路。這是以科技體制創新為突破口，推動藥物研發技術創新，進而推動企業整體發展。成立具有獨立法人資格的科技開發公司，是武漢建民集團創新科技體制的重要舉措。正是由於較早認識到科技體制對企業技術創新的推動作用，武漢健民集團於1999與武漢生物技術發展中心、同濟醫科大學藥學院、湖北中醫學院、湖北大學等單位以股份制形式成立了武漢健民中藥工程有限公司(以下簡稱中藥工程公司)。率先將現代企業制度、競爭機制和激勵機制引入企業的科研開發中，使原隸屬於武漢健民集團的科研院所成為具有獨立法人地位，主要從事新藥開發和老產品二次開發的科研實體，在運營模式上實行嚴格的公司化管理，同時根據現代企業制度的特點，加強技術創新體系建設。這樣，武漢健民集團既保證了自己能有源源不斷的適合市場需求的新產品，又使原有的科技資源煥發出勃勃生機。
武漢健民中藥工程公司作為壹個科研實體，不僅清醒地認識到技術創新在公司經營中的重要性，而且建立了壹套適合公司的技術創新體系。主要體現在技術創新中心建設、人才管理、決策管理和技術創新過程管理等方面。(1)高度重視技術創新中心建設，投入巨資從國內外采購各種儀器、設備及相關技術，以品種轉化和新品種開發為載體，大大提高了研發水平和能力。(2)把人才作為企業發展最重要的資源，高度重視技術創新人才的引進和管理，運用各種激勵手段，充分調動和發揮員工的積極性和創造性，不斷優化公司的人才結構。為了保證員工的知識更新，我們不斷探索和完善產學研相結合的人才機制，讓他們有機會提高創新能力，有條件提高創新水平。(3)加強技術創新決策管理，建立由中國工程院院士領銜的專家咨詢制度，主要負責重大科技決策咨詢、重大科技項目評估、新藥研發過程中的關鍵技術咨詢和指導，降低科研風險，提高科研效率。(4)對內實行項目責任制，加強過程管理。對項目管理、組織實施申報進行全過程監控，對項目實施過程中的各個環節進行有效考核和評估。