學校2011於8月從南京市第九中學獨立出來，單獨設置後更名為南京市第九初級中學。現任校長是倪宗雷先生。學校文化底蘊深厚，南京大學、東南大學、總統府、梅園新村紀念館、南京圖書館、江寧織造院、省美術館、市全民健身中心等文化資源毗鄰。在87年的辦學歷程中，我們培養了壹大批優秀的校友，如中國科學院、邢院士，中央教育學院原院長，上海師範大學校長，火星人王躍等。
2011年9月29日，南京九中部分初中獨立，南京九中正式成立，走上了自主辦學的道路。學校有楊將軍巷(高壹、高二)和尖椒營(高三)兩個校區，總占地面積10000多平方米。所有教室都配備了現代化的多媒體教學設施，供學生學習的各種功能教室齊全。校園環境精致優美，活潑靈動。學校現有31教學班，在校生1400人，教職工95人。其中市、區學科帶頭人、優秀青年教師、先進個人30余人，全國初中數學聯賽優秀輔導員4人，全國初中英語超級聯賽優秀輔導員4人，全國競賽壹等獎2人，省競賽壹等獎3人。該校教師的平均年齡為36.8歲。教師年輕，經驗豐富，教育教學水平高。他們大多還承擔著國家、省、市、區教研課題的研究，是宣武區公認的初中教師最強群體。多年來，學校在參加城市學科研究考試中成績優異。2003年中考狀元李佳音和2006年中考狀元陳雅雯都出自我校。歷屆中考平均分與超市區相差甚遠，在南京教育強區玄武區公辦初中中名列前茅，也是全市公辦初中中的佼佼者。
學校文藝和男籃特色鮮明。文藝中心民樂團、歌舞團被南京市教育局命名為“南京市中學生民族樂團”、“南京市中學生歌舞團”。近年來，兩個學生團體在國家、省、市各級各類比賽中獲得壹等獎，並多次應邀出訪歐洲、新加坡、澳大利亞等國家和地區，獲得廣泛好評。學校籃球隊2010獲得全國少年冠軍，NBA總裁發來個人邀請函，邀請他們參加“NBA全明星周末”。為了推動文藝和籃球的普及，進壹步挖掘學生的潛力，為他們提供發展的舞臺，學校每年都舉辦大型校園“文化藝術月”和“活力杯籃球賽”，讓學生在青春的熱情和汗水中感受成長和精彩。
由南京市第九中學、長江路小學、南京市第五十四中學、人民中學等六所學校聯合組建的“南京市第九中學教育均衡發展集團”也在慶典期間正式成立，這意味著南京市玄武區中小學將共同推進特色教育發展，實現區內優質教育資源共享。對此，南京市玄武區教育局副局長黃欣喜地表示，玄武區教育局將壹如既往地關註和支持九中集團，幫助其向更高的辦學目標邁進，共同推動玄武教育的發展。
南京市第九初級中學的文藝特長也得到了充分發揮。2014年，南京九中和南京九中組成的交流團赴歐洲交流演出。2014年參加第二屆青年奧林匹克運動會，與各國青年交流，弘揚中國傳統民樂。
分立後的南京市第九初級中學繼承老校優良傳統，融合初中教育發展先進理念，依法治校，以“構建和諧校園，師生共同成長”為辦學理念；以“向上”為校訓；以“博雅健美，青春陽光”為校風；堅持“特色、質量、責任”的指導思想；以教育為基礎，以質量為核心，以發展為目標；努力把學校建成“德育、智育、體育、美育、勞動教育、心中教育；充滿國際視野的活力校園，書聲、樂聲、球聲、琴聲、笑聲、音響，使學校成為省內知名、特色鮮明、全市壹流的公辦初中。同時，積極營造“和諧、融洽、融洽”的教育環境，從而“不斷培養興趣廣泛、個性豁達、充滿自信、勇於承擔個人、家庭、社會和國家責任的新壹代人。“要教育人。
今天初九的人正以開拓創新的進取精神和精益求精的精神向著同壹個目標奮勇前進！