1950年秋，根據全國政協提案，中央衛生部組織中央防疫總隊第七大隊赴西北少數民族地區開展性病防治和流動醫療。在胡傳魁教授的推薦下，葉幹雲被任命為組長。他帶領60多名醫護人員到甘肅夏河、卓尼、東鄉、臨夏和青海湟源、海鹽等地工作了9個月。他們爬雪山，過草原，深入農牧區，挨家挨戶。他們對患病的各族群眾進行精心診治，治愈了大批性病患者，受到缺醫少藥的當地群眾的熱烈歡迎，也為控制性病的傳播創造了有利條件。1951 7月防疫大隊回京後，葉幹雲奉命帶領中央內蒙古衛生隊到內蒙古新巴爾虎旗開展性病防治工作。同年9月，第二次全國衛生大會在北京召開，葉幹雲應邀與會，介紹了少數民族地區性病防治的經驗。會議結束時，他還受到了毛澤東總統的接見。這次會議明確，性病防治是全國衛生工作的三大重點任務之壹。因此，在5438+095110年6月，中央民族事務委員會和中央衛生部聯合成立了中央民族衛生工作大隊，重新任命葉幹雲為組長，帶領100多名醫務人員於5438+095165438年6月赴西康省西藏自治區開展性病防治工作。當時自治區剛剛解放，當地治安、交通、生活條件都很差。此外，高山、深谷、稀薄的空氣和山地反應讓來自大陸的玩家感到非常不適應。但所有隊員都致力於全心全意為人民服務，葉幹雲也以身作則。他們不畏艱難，克服重重困難，終於在兩年多的時間裏走遍了全區20個縣，圓滿完成了各項任務。他們治療了20多萬患者，其中梅毒患者8000多人，淋病患者1700人，全部采用青黴素治療，取得了良好的效果。葉幹雲意識到衛生大隊只是壹個臨時組織，要想在缺醫少藥的少數民族地區建立自己的衛生保健機構，必須大力培養本民族的地方技術骨幹。在他的精心安排下，兩年來為當地培養了40多名中層衛生人員，他們都成為了當地衛生戰線的技術骨幹。衛生大隊的工作不僅僅是治病救人，更是促進各民族之間的友誼和團結。衛生隊所到之處，都受到當地人民的熱烈歡迎。藏族同胞親切地稱衛生大隊的同誌為毛主席派來的好門童(藏語醫生)。2001，1，為紀念中央民族衛生大隊赴藏區醫療巡診50周年，國家民委、衛生部在北京人民大會堂聯合召開座談會，充分肯定了衛生大隊當年在藏區取得的成績，並授予“造福西藏人民、促進民族團結的白衣勇士”榮譽證書。葉幹雲被中央電視臺東方時空節目組選為“東方之子”，並做了專題報道。
在康藏高原工作兩年多，葉幹雲也遇到了很多前來就醫的藏族麻風病人。因為當時規定麻風病人必須收進麻風醫院隔離治療，葉幹雲沒辦法，只好向病人解釋，動員他們去瀘定麻風醫院治療。但此時，為了減輕麻風病人的痛苦，控制麻風病的流行，必須大力開展麻風病防治工作，這壹點壹直記在葉幹雲的心裏。
1953年底，中央國家衛生工作大隊圓滿完成各項任務後，葉幹雲帶隊回京。恰逢中央衛生部在北京成立中央皮膚性病研究所，葉幹雲被調到研究所參與籌建工作。1954年5月，中央皮膚性病研究所正式成立。此後，葉幹雲在該所工作近半個世紀，先後擔任主治醫師、門診部主任、性病與麻風病防治研究組副組長、麻風病研究室主任、研究員、副主任、學術委員會主任、博士生導師、顧問，從事性病與麻風病防治研究。
中央皮革研究所成立初期，正處於學習前蘇聯經驗的高潮，皮革研究所也不例外。在壹次討論梅毒治療方案的會議上，該研究所顧問、前蘇聯專家葉戈羅夫強調，采用前蘇聯衛生部制定的以砷制劑為主要治療手段的間歇療法需要兩年時間。胡傳魁持不同意見。他認為間歇療法時間太長，副作用多，不如用青黴素治療。葉幹雲根據自己多年在基層防治性病的現場經驗，也提出為了滿足基層防治性病的需要，必須采用起效快、療效高、療程短、副作用少、患者容易接受的療法。因此，青黴素療法遠遠優於間歇療法。最終，中央衛生部采納了胡傳魁主任的建議，將青黴素療法列為梅毒治療的首選。這壹決定對基層性病防治工作起到了積極的推動作用。為此，葉幹雲還專門寫了壹篇文章《從多快、多好、多救的角度看青黴素治療梅毒的方案》，發表在中級醫學雜誌上，向基層防治人員推薦這壹方案，取得了良好的效果。中央皮革研究所在中央衛生部的領導下，負責全國性病防治工作的組織、協調和技術指導。為了獲得第壹手資料，葉幹雲和馬博士壹起，帶領工作組到江西省寧都縣進行了為期三個月的現場調查和防治研究，總結出壹套農村性病防治經驗，並在3月份召開的全國性病、麻風病、頭癬現場防治交流會上作了報告，65438-0959，進壹步推動了各地性病的綜合防治工作。經過多年努力，到1964，除少數地區外，性病已在全國基本消滅。於是，葉幹雲和胡傳魁教授壹起寫了壹篇題為《中國梅毒的控制與根除》的論文，在65438-0964年北京召開的國際科學研討會上宣讀。中華人民共和國成立後，僅用15年就基本消滅了危害人民身心健康的性病。這壹輝煌成就得到了國際輿論的高度重視和贊揚。20世紀80年代，隨著國內外人員的廣泛接觸、流動人口的大量增加以及社會行為和性觀念的改變，性病在中國重新擡頭，被稱為20世紀瘟疫的艾滋病也傳入中國。面對這種嚴峻的形勢，葉幹雲深感憂慮和不安。全國人大會議期間，他多次就性病防治工作提出建議，主持召開性病防治工作座談會，向衛生部提出今後防治策略和措施的建議。由於領導的重視，中國再次展開了大規模的性病防治工作。國務院建立了艾滋病和性病防治工作協調會議制度，組織有關部門相互配合。衛生部成立了性病專家咨詢委員會和國家性病防治中心，各地也建立了專業防治機構。任命葉幹雲為性病專家咨詢委員會主任委員。他雖然年事已高，但仍積極投入防治工作，為培訓專業技術人員、編寫性病防治手冊、制定防治工作規範、組織經驗交流會、開展性病咨詢活動、指導科學研究做了大量工作。並擔任世界銀行性病貸款項目專家評估組組長，與國內外專家合作組織性病防治研究項目27項，均取得成果。此外，他還多次通過電視和廣播宣傳防治性病和艾滋病的科學知識。主編《性傳播疾病的診斷與預防》、《實用性》、《皮膚性病防治》、《性傳播疾病》等專著。，繼續為控制性病傳播做出貢獻。
1956年，中央頒布的《全國農業發展綱要》明確規定，積極預防麻風病。因此，中央衛生部派出麻風病調查組赴廣東、陜西等省調查麻風病的流行和防治情況。葉幹雲參加了調查組。他非常高興。他回想起幾年前在康藏高原見到麻風病人的情景，預感到壹場大規模的預防麻風病運動即將開始。他全心全意地到每壹個麻風村醫院，詳細了解當地的麻風病疫情和防治情況，協助衛生部起草麻風病防治規劃，參加了65438年6月至0957年6月在濟南召開的第壹次全國麻風病防治會議。此時，他已下定決心，要把自己的壹生奉獻給麻風病的防治工作。會後，他帶領研究小組到江蘇省開展卡介苗接種預防麻風病的研究工作。當年年底，他赴廣州參加了阿根廷麻風病專家胡曼教授舉辦的全國麻風病高級醫師培訓班，並當選為班長。通過三個多月的學習，葉幹雲對麻風病的基本知識、臨床皮疹治療、防控策略等有了進壹步的了解。，堅定了他做好麻風病防治研究的信心和決心。完成學業後，他回到中央皮膚病研究所，該所剛剛組建了以著名的馬博士為組長，葉幹雲為副組長的性病與麻風病防治研究組。他和馬博士都認為，麻風病不僅是壹個衛生保健問題，也是壹個社會問題。只有自然科學和社會科學相結合的綜合防控措施才能有效。他和馬博士率先提出了“縣域麻風病綜合防治措施研究”課題，與地方政府合作在江蘇海安縣和廣東潮安縣進行試點。效果非常明顯，已經在全國推廣，獲得了1978的全國科學大會獎。葉幹雲和他的同事們還在麻風病的流行病學、社會醫學、早期診斷、治療方法和康復醫學等方面取得了許多研究成果，並獲得了國家和衛生部的科技進步獎。葉幹雲熱愛麻風防治事業，經常深入麻風流行區和麻風村醫院。他壹方面為患者精心診治，另壹方面與患者交心談心，深受患者喜愛。葉幹雲在廣東潮安縣彩塘公社蹲點時，恰巧家裏住著壹個麻風病人，麻風反應很嚴重，要住院。但患者家庭困難，拒絕住院。葉幹雲多次上門勸說，在經濟、服裝等方面給予幫助。病人終於住進了麻風村，並很快控制了自己的反應。每當患者看到葉幹雲，都會豎起大拇指，反復感謝。
1981年，世界衛生組織在日內瓦總部召開麻風病化療研討會，中央衛生部派葉幹雲作為代表參加會議。在為期壹周的會議中，葉幹雲與各國專家交流了經驗，制定出了麻風病多藥聯合化療方案。該方案的優點是療程短而固定，治愈率高，復發率低，並可防止耐藥。回國後，恰逢第二次全國麻風病防治大會在廣州召開。葉幹雲在會上詳細介紹了該計劃，衛生部隨即決定開始試點，取得經驗後向全國推廣。試點工作在江蘇揚州進行，是成功的。這種治療方案在全國被廣泛采用，在短時間內治愈了大量患者。上海、山東、遼寧、江蘇、浙江等省市相繼達到基本消滅麻風病的目標。中國的麻風病防治工作壹直走在世界前列，受到了世界衛生組織的高度評價。
1982年，應比利時達米安基金會的邀請，衛生部組織了由馬、葉幹雲、蘇俊瑞等三位專家組成的麻風病考察團，赴日本、美國、加拿大、英國、比利時、瑞士、印度、泰國等國考察各國的麻風病防治和研究工作。他們壹方面詳細了解各國在麻風病防治和研究方面的好經驗，另壹方面向國外介紹我國麻風病防治和研究的成效。葉幹雲還應美國疾病控制中心邀請，作了題為《新中國麻風病防治與研究進展》的專題報告，受到熱烈歡迎。回國後，調查組向衛生部做了報告，提出了完善中國麻風病防治策略、加強國際交流、成立中國麻風病防治協會、出版《中國麻風病雜誌》等建議，均被采納。
1982衛生部成立麻風病專家咨詢組，任命葉幹雲為組長。1985中國麻風病防治協會成立，馬任理事長，葉幹雲先後當選副理事長、秘書長、理事長、名譽理事長。同時還擔任中國麻風病防治研究中心副主任、《中國麻風病》雜誌主編。
1984年，12國際麻風病大會在印度新德裏召開。葉幹雲參加了會議，宣讀了兩篇論文，其中關於雷公藤應對麻風病的報告受到了很多專家的重視。1989年，13國際麻風病大會在荷蘭海牙召開。葉幹任中國代表團副團長，主持了麻風流行病學分會的討論，並當選為國際麻風學會理事。1993年，第14屆國際麻風大會在美國奧蘭多召開，葉幹雲連任學會理事。他在董事會上積極爭取15國際麻風病大會在中國召開，並獲大會壹致通過。1998年，15國際麻風病大會在北京國際會議中心召開，葉幹雲擔任組委會副主席，積極參與大會的組織工作。會議的成功受到了來自世界各地的專家的好評。
作為碩士生和博士生的導師，葉幹雲還培養了中國第壹位麻風病碩士。指導研究生完成畢業論文《中國漢族麻風患者HLA-A.B抗原頻率分布》，為國內外首次報道，對研究麻風的遺傳因素具有學術價值。
葉幹雲當選為江蘇省第五屆人民代表大會代表和第六屆、第七屆全國人民代表大會代表。在全國人民代表大會期間，他建議刪除和修改婚姻法中關於麻風病的規定。2000年，全國人大法制委員會召開婚姻法修改座談會時，葉幹雲應邀與會。他從醫學發展的角度說明了刪除麻風病條款的必要性，並被采納。2001年，全國人大常委會通過了婚姻法修正案，刪除了關於麻風病的不當規定。
葉幹雲多次參加國際麻風病學術會議，接待外國專家訪華。他結識了許多國際知名的麻風病專家，建立了友好關系，為加強國際合作、引進國外先進技術、派遣中國麻風病防治研究人員出國學習創造了有利條件。葉幹雲在國內外醫學期刊上發表了30多篇關於麻風病的論文。主編《實用麻風病》、《麻風病防治手冊》、《麻風病聯合化療手冊》、《麻風病實驗室工作手冊》、《麻風病護理手冊》等專著。
葉幹雲還擔任過世界衛生組織專家顧問、《國際麻風雜誌》編委會委員、亞洲皮膚病學會委員、《美國臨床皮膚病學雜誌》編委會委員、中國皮膚病學委員會常委、《中華皮膚病學雜誌》副主編、《國外醫學皮膚性病學》主編、 中國醫學科學院學術委員，中國性病艾滋病防治協會顧問，中國性學會顧問。