章氏的民族主義史學，像梁啟超的新史學壹樣，是西潮沖擊下的產物。西方帝國主義人侵，中華帝國門戶洞開，被迫接受現代國家體制。梁啟超提倡國民的歷史，其所謂國，已非舊時之朝廷，而是現代國家。章太炎也已具現代國家觀念，其有誌於撰寫壹部中國通史，即以現代的國史來取代舊史，猶如德國史家之寫德國史，或英國史家之寫英國史。19世紀歐洲列國的民族主義史學，頗重種姓之優越，國族既往之榮光，以助國家之士氣，如普魯士學派，實於德國之統壹有推波助瀾之功，甚至為後日德意誌軍國擴張主義鋪路。中國情勢境遇不同，民族主義意在自衛，章太炎力言歷史是愛國心的泉源，所以他把歷史比喻為壹國的賬簿，載明產業，按簿可稽，國人豈能不知;也可比做棋譜，舊譜既熟，新局自創，才能鑒往知來，援古證今。然則，非歷史知識不足以知國本，不知國之可愛，不知國運之來龍去脈。章氏晚年，正值口本侵華，感觸尤深，如謂:“不知遼東玄菟為漢郡，故以東北為絕域;不知漢之右北平郡領縣，多在熱河，固以熱河為塞外”，足見不讀史，連亡國都不自知，失地千裏也不甚惜，他把讀史與愛國連在壹起，意即在此。章太炎所面臨的時代，勢必使他成為民族主義史家。
觀諸章太炎排滿文字，他好像是大漢沙文主義的種族主義者，其實在他心目中，民族主義根本不是基於狹隘的血緣論，中華民族也絕非等同漢族，因他明確指出，中華這壹名詞，既不是壹個地域的國名，也不是壹種血統的種名，“乃為壹文化之族名”，也就是說，中華民族由歷史鑄造而成，長期的歷史經驗使異族同化，***成華族。然而，既如此，滿洲認同中國，為何反滿?此乃其反滿宣傳與歷史思考間的矛盾，然此壹矛盾在其心中，並非不可解決;解決之道，來自西方的主權觀念，即主權應屬於大多數人，大多數的漢人收復主權之後，才能接受滿人。在國土上，他也是從文化而非種族作考量，所以他認為朝鮮與越南在文化上同於中國，應為中國的壹部分，而三荒服，即西藏、蒙古、回部倒非故土。但在現實上，朝鮮已為日本並吞，越南仍是法國殖民地，難以改變，而三荒服尚不他屬，反而較易納人版圖。納人版圖最緊迫的理由，則是英、俄兩帝國主義國家的窺伺，“乘隙窺邊，誘以他屬”。從他以文化為主的民族國家觀而言，“漢人以壹民族組織壹國家，平等自由，相與為樂”，未嘗不可，無奈列強環伺，如果中國各族分裂，俄國立即會進人蒙回，英國必定人藏，法國必定會進人雲南與廣東，漢人的土地也會不保”。於此可見，他的民族主義絕非植根於狹隘的種族主義，也非狂熱的擴張主義，卻多理性與現實的思考，擔憂帝國主義的侵略性格，可說是史家反映時代，也可說是壹種相當自衛性的民族主義。
然而民族主義畢竟是壹種強烈的情感，而史家則貴公平、寧靜，不陷入感情與偏見的陷阱，兩者似仍有矛盾。所謂民族主義史家，於民族主義而言，往往是褒語;然於史學而言，常常是貶語。故以史學的標準衡量，壹位民族主義史家的優劣，端視其公正客觀性的強弱。以章太炎而言，在政治史方面，尤其是清代政治史，他的民族主義情緒較濃，多少受到反清政論的影響。如清代盛世康、雍、乾三大帝，在他的反清思想的激蕩下，極力挑戰聖君明主的形象。他認為康熙雖非失德，絕不是仁君，於明之宗室，誅夷甚厲;雍正雖能，尤為陰險殘暴，利用理學，濫施恩罰;乾隆雖有威謀，藉編四庫，意在禁毀圖書。這些負面的評價，並未完全失實，且可平衡過於正面而幾近歌頌的評價，或尚有功於信史。英國史家阿克頓有言:“偉大人物幾皆壞人”，然則以負面看偉人，或更近於真。至於說鹹豐皇帝，狂妄不仁，不免片面，至少舉證不足;又說鹹豐若不早崩，曾、左等功臣，將無善終，則全屬臆測之詞;罵光緒那句名言:“載湉小醜，未辨椒麥”，則盡是人身攻擊矣。
凡清代大小叛亂，如臺灣的朱壹貴、山東的林清、四川的王三槐、廣西的洪秀全、河南的張樂行，章太炎皆視為抗清義師，認為他們的起事，並不是迫於饑寒，也不是為了實行他們的帝王之誌，而是不得不清除如豺狼壹般的滿族統治階級，以反對滿族，作為壹切叛亂之因，顯然以反清的民族主義來統解史事，壹如英國輝格黨以自由主義統解歷史，尚有可說;但是為了說明朱壹貴之叛，與反清復明有關，竟言朱乃朱明的後裔，強行牽連，既無必要，且有捏造事實之嫌，為史學的大忌，實為強烈民族主義情緒，不自覺殃及信史的最具體例子。
章太炎對壹般歷史人物的解釋，也頗顯露其反清的民族主義意識，如謂曾國藩作滿清的爪牙，鎮壓了反清的太平天國，視之為民賊大盜，貪圖功名，虛偽善變的理學家，實發中國馬克思史家視國藩為漢奸的先聲，然卻基於不同的意識形態;章是從種族意識論斷，而馬派則從階級意識論斷。然而章說:“曾國藩、左宗棠之起，其始不過保衛鄉邑，非敢贊清也”，不免壹偏之見，衛鄉與贊清實未易分;至於進壹步說，曾欲藉此取代滿人政權，更不免以己心強度曾腹，強古人從己矣。不過，章氏也自有其細膩處，如論錢謙益(牧齋)未以其降清而低之，指出錢氏曾響應鄭成功海師人長江，後來又傷吳三桂之弒明朝最後壹個皇帝，編成《投筆集》，“其悲中夏之沈淪，與犬羊之椒擾，未嘗不有余哀也”，則頗能揭發隱情，日後史家陳寅格箋證錢柳詩，更大事述論此壹隱情，益見太炎之能觸發先機。
排滿反清，只是章氏民族主義的壹部分，而且是壹時的，甚至不是最根本的部分。他的民族主義，主要還是針對西方帝國主義，滿洲不逐，民氣不彰，終不能獨立而最終成為歐美的奴隸，其間本末主次甚明。他更明言:“民族主義非專為漢族而已，越南、印度、緬甸、馬來之屬，亦當推己及之”即近代“反帝國主義”之民族主義也。帝國主義來自西方，隨之同來的尚有西方文化，兩者並不容易劃分，因而章常被視為反西方文化的文化民族主義者。其實，他並不反對西方文化，只是他不認為西方文化是放諸四海皆準的世界文化，在西方文化的挑激之下，他的結論是文化多元論，也就是說文化既是歷史經驗與地理環境的產物，所以是特殊的，也就是太炎所謂之“別相”，而非普及的，也就是太炎所謂之“總相”。知總相，固有助於了解別相;然絕不能以總相來蓋斷別相。各種特殊的文化，應***存***榮;若欲以某壹種文化同化其他文化，就成了文化帝國主義。太炎的文化多元觀，可謂在西方文化沖擊下的產物，與日本的政教社，以及俄國的親斯拉夫派思想，頗有神似之處。
多元文化觀，使章太炎更加重視歷史，將歷史與語言和風俗，視為國性的三要素，視為愛國心的泉源，把歷史之存亡與國家和文化的存亡，連成壹體。舊話說，國可亡，而史不可亡，意謂朝代有興亡，而史綿延不絕;然太炎心目中之中國，乃是永恒的文化中國，在西方文化沖擊之下，欲保持其永恒，必須維系以及認識其特殊的歷史，所謂“不讀史書，則無從愛其國家”。太炎晚年目睹日本侵華，國運垂危，更加力疾呼籲歷史之重要，益見歷史在其民族主義中的分量。他的史學，固然頗具民族主義色彩，而他的民族主義亦紮根於史學。