加強宣傳教育，提高三江源區保護生態環境的自覺性。三江源區生態環境保護的主力軍是當地牧民。當地牧民對生態環境的認識將決定他們的行為。要廣泛深入地宣傳生態環境惡化的危害性和改善生態環境對促進藏區經濟社會發展的重要性。通過宣傳，讓牧民清楚了解目前三江源地區生態環境面臨的困境，從而增強全民意識，增強保護生態環境的自覺性。
堅持以人為本，大力實施重點區域小流域綜合治理。三江源區的土壤侵蝕有其自身的特點。在風蝕、水蝕、沙化、凍害普遍存在的同時，壹些城鎮和居民區山洪泥石流嚴重，給人民生命財產造成嚴重損失，影響社會穩定和經濟發展。因此，必須在城鎮和居民區周邊實施水土保持綜合治理，以小流域為單元，生物措施與工程措施相結合，治溝工程與治坡工程相結合。通過水土保持綜合治理措施的實施，流域水源涵養生態環境得到有效保護，鄉鎮防洪能力進壹步提高，洪水發生基本被制止，當地群眾生產條件和生活水平進壹步改善，生活環境進壹步改善。
以法律為保障加強水土保持和水資源保護。進壹步加強水土保持和水資源保護管理的監督檢查，堅持“預防為主，保護第壹”的方針，禁止亂砍濫伐、亂挖濫采、超載過牧。加強對水源區縣節水、水資源法律法規和專業知識的培訓，進壹步提高這些人員的業務素質和政策法律水平，保證工作的正常開展。不斷完善水土保持和水資源地方法規建設，加強源區水土保持監管和水資源保護執法隊伍建設，加大執法力度，規範執法管理，強化依法服務、依法管理和依法行政職能，堅持水土保持方案報備制度和水資源項目論證制度，有效防止開發建設項目對生態環境的破壞。加強對開發建設項目的監督檢查，督促建設單位做好水土保持和水資源工程的安全施工，及時消除渣壩、渣庫的安全隱患，確保項目區人民生命財產安全。
尊重自然規律，堅持自然修復與人工輔助相結合。目前，三江源許多生態系統的重要性和復雜性還沒有被我們充分認識和掌握。三江源區脆弱的生態環境和難以恢復的原生態，決定了三江源區的生態修復必須按照自然修復為主，人工治理為輔的原則進行。大面積地區要加強封育管護，充分依靠自然的力量，優先進行生態修復，采取封育管護、圍欄封育、輪牧、退耕還林(草)等生態修復措施，對局部地區的疏林地、輕度退化草地、黑土灘、廢棄地進行分類研究，根據當地自然條件，采取灌溉、保水、人工種草、植樹等水土保持治理措施。
加強水資源監測和保護，確保水量充足、水質良好。利用現有水文站，緊密結合三江源生態保護和治理工程，以小流域監測為主要手段，不斷加強水資源監測，對水資源進行客觀、科學、系統、實用的評價，為水資源保護和可持續利用提供了寶貴依據。加強“三江源”水功能區管理。嚴格按照各自的功能要求，將開發區域劃分為禁止區和限制區，明確不同區域經濟社會發展和生態保護建設的重點和要求，促進經濟社會與人口、資源、環境的協調。加強水土保持和水資源環境監測，通過對監測結果的分析，獲取科學數據，指導和提高水土保持和水資源開發利用的正確實施，實現投資效益最大化。建立三江源地區建設監管有效機制，建立三江源地區草原、水資源、森林生態補償制度，從政策、資金、管理職能、政府考核指標等方面完善三江源地區水生態保護建設有效機制。