1.最初的目的不壹樣。“問責制”最初的目的是完成上級下達的任務指標，是壹種“被動”的管理模式；在“阿米巴”經營模式中，員工最初的目的是提高經營效率，這是發自內心的“自我管理”。
2.考核單位不壹樣。“責任制”以部門考核為基礎；“阿米巴”經營模式以經營實體為考核單位，將經營成果以約定的方式直接分配給阿米巴組織。
3.考核結果不壹樣。“問責制”是壹種“結果評估”；“阿米巴”的商業模式是通過建立內部市場、買賣產品、提供服務或合同結算來實現阿米巴經營者的收入，強調阿米巴經營者參與市場交換的全過程，將過程管理與業績考核有效結合。
4.滿足不同要求。“問責制”與產出有關；“阿米巴”商業模式強調投入與產出的關系和資源的有效利用，以最少的投入實現最大的產出。
5.分配依據不同。“責任制”考核以工作量完成情況為依據，與企業業績掛鉤。往往員工事先分配多少工作是模糊的，屬於被動參與分配；在“阿米巴”經營模式中，考核分配的依據包括經營效益的考核分配和管理項目的考核扣分，與員工的績效直接掛鉤。員工分配多少，事先是清楚的，也是積極參與分配的。
“阿米巴”經營模式與成本中心的區別成本中心是控制和考核企業成本費用的中心。建立成本中心可以幫助企業有效控制成本。
很多企業的實踐證明，實施“阿米巴”經營模式也能為企業節約大量成本。那麽“阿米巴”經營模式和成本中心有什麽區別呢？事實上，它們之間至少有八個明顯的區別:
1.成本控制有不同的目的。
成本中心是企業控制成本的具體單位。成本中心的負責人只負責“成本”，不關心“收益”。可以說是為了降低成本，以達到上級下達的降低成本的目標。在“阿米巴”經營模式中，阿米巴經營成員的收入與阿米巴經營的效益直接掛鉤。
所以壹方面要考慮如何盡可能的降低成本，另壹方面也要考慮如何提高產量。換句話說，“阿米巴”經營模式並不要求員工從實現降低成本目標的角度去思考成本控制，而是要求員工從提高阿米巴組織的經營績效和增加有效產出的角度去思考成本。
2.核算範圍不同
成本中心模式，只核算壹個成本中心的直接成本；“阿米巴”商業模式是將企業內部所有資源以貨幣形式精細量化，將內部服務等與運營主體相關的所有資源和費用量化為有價值的資源，納入阿米巴組織的成本控制。
3.不同的商業形式
成本中心模式，只占“成本中心”內部；在“阿米巴”商業模式下，有買賣、服務、合同三種交換關系，業務是以“業務鏈”為紐帶在企業內進行的。
4.不同的會計方法
成本中心模式，成本中心之間沒有市場交換關系；“阿米巴”經營模式要求形成內部交易價格體系，不僅包括產品銷售價格、材料采購價格和內部采購價格，還包括內部服務價格和項目合同價格。阿米巴經營者通過“銷售”、“服務”或“合同”的關系進行有償經營，核算阿米巴經營者的收入和支出。
5.不同員工參與
在成本中心模式下，成本是自上而下設定的，員工通常是壹個被動接受的角色。“阿米巴”商業模式要求員工從壹開始就參與到資源定量分配的過程中。阿米巴經營實體各種資源成本劃分完成後，需要阿米巴經營實體負責人簽字，成本是壹個“主動接受”的過程。
6.不同的控制階段
成本中心模式，壹般在月末，成本控制是事後控制；在“阿米巴”經營模式下，壹切“運營成本”都可以隨時結算，成本控制是全過程、全方位的。
7.不同的概念和理解
以成本為中心的模式，員工只關心自己的成本，對企業的整體績效不夠敏感；在“阿米巴”經營模式下，員工作為“經營者”參與，企業的市場質量和產量將直接影響員工的經營收入，因此員工更關註整個企業的發展，主人翁意識更強，積極性和主動性更高。
8.不同的分配方法
以成本為中心的模式沒有“利潤”的概念，傳統的薪酬分配方式對員工的激勵有限；“阿米巴”經營模式是阿米巴經營實體根據其經營收入和管理項目考核來分配薪酬。阿米巴經營實體成員的實際收入與經營“利潤”密切相關，使得收入分配更加公正、公平、公開。
“阿米巴”管理模式與團隊管理的區別。“阿米巴”管理模式的實施，讓很多企業原來的團隊變成了壹個阿米巴管理體，團隊負責人變成了阿米巴管理體的負責人。但是阿米巴經模式的管理和團隊管理有很多重要的區別，需要清楚的認識:
1.管理方式不同。團隊管理是以完成生產任務和產品質量為基礎的，沒有內部市場的概念，沒有內部結算的產品轉移和交換，沒有利潤的概念。績效考核是建立在傳統的責任制基礎上的。
阿米巴經營體以經營成果為基礎建立內部市場，產品的轉移和交換以內部交易價格結算，以利潤為概念，業績考核以經營利潤為基礎。
2.管理動機不同。團隊管理是壹種被動管理，上級下達計劃指令，團隊在組長的領導下努力實施。阿米巴經營模式是壹種通過自我管理，激發員工主動性，完成內部客戶訂單的管理模式。
3.管理內容不同。在管理上，阿米巴管理的管理內容比團隊管理更豐富:班組長壹般只需要關心生產、質量、現場管理等等；阿米巴經營的負責人也要關心經營成果，所用資源的價格，價格的合理性，資源的合理使用。
在結算管理中，阿米巴管理是業務核算的基本單位，在組織職能中，阿米巴管理是業務運作的最小主體；在薪酬分配方面，阿米巴經營體的經營成果是經營結算的基礎；阿米巴經營體的負責人既是管理者，也是經營者。
企業要充分認識到“阿米巴”管理與團隊管理的本質區別，建立“阿米巴”管理的長效機制，實現團隊管理向“阿米巴”管理的全面深入轉變。