壹是預算管理意識薄弱，組織結構簡單；人員配備不足，對預算工作的重要性缺乏認識；
首先，由於傳統觀念的影響，事業單位預算制度仍未完全走出“前預算時代”，離現代公共預算還有相當大的差距。特別是“行政長官意誌”、非制度化、非公開化、公共責任缺失等問題依然突出。壹些部門和單位對部門預算重視不夠，缺乏“先預算後支出，沒有預算就沒有支出”和“安排打醬油的錢不能用來買鹽”的預算管理理念，預算約束觀念淡薄。導致財政資金使用效率低下。這個問題是事業單位的通病，制約了單位預算工作質量的提高。之所以出現這個問題，主要是由於領導對預算管理的重要性認識不足。單位的預算組織形同虛設，單位在實際開展日常收支活動時並不按照編制好的預算執行。傳統預算通常采用基數加因素調整的方法，部門經費完全由基期的相關數據決定，而不是根據部門的項目情況和人員配備情況進行合理安排。這只能加大貧富差距，不能滿足部門發展需要。
其次，事業單位預算管理部門在編制預算時存在不科學、不現實的問題。他們單純為了獲得預算結果而編制預算，對預算執行關註甚少，導致預算編制部門難以調動各職能部門積極參與預算，也沒有條件對預算項目進行必要的研究和論證。這樣的預算往往與實際情況相差甚遠，使得預算管理失去了應有的作用。
二是預算編制時間短，方法簡單；預算準備不足:
首先，預算編制時間短，準備不足。行政事業單位預算管理是壹項系統工程，預算編制作為整個預算管理的起點，是其中最重要的環節之壹，需要各部門和人員的積極參與，廣泛調研論證，接受各種監督，應具有必要的嚴謹性和權威性。但目前行政事業單位預算編制基本由財政部門負責。準備時間不到兩個月，時間緊，工作量大。財務人員不能調動各部門的積極性，對預算編制缺乏必要的調查和認證，閉門造車。預算編制比較壹般，預算質量不高。
其次，預算方法簡單，質量粗糙。雖然多年來壹直實行零基預算法，即取消以前年度的基數，根據預算年度內所有因素和事項的輕重緩急和財力可能，重新計算和安排單位和部門的預算。但從目前的實際情況來看，零基預算實施起來還是有壹定難度的。很多行政事業單位還是習慣“上年基數+當年調整”的老辦法。他們不是根據單位或部門的實際情況來確定預算安排，而是根據以往的經驗和主觀認識來編制。結果與實際情況相差甚遠，難以將預算分解到各個部門執行，往往會出現調劑交換、追加預算的現象，影響了預算執行的必要剛性。
再次，財務收支預算是單位全面預算的壹部分，以單位總體目標和經營預算、行政預算、事業預算為基礎，涉及部門多、時間跨度長。因此，有關部門在編制財政預算時，應組成預算編制小組，充分考慮宏觀環境、現實任務等因素，分析預算實現的可能性和難度。但目前財務預算的編制通常只是壹個財務部門的工作，編制時間不到兩個月。這樣就無法充分調動各職能部門積極參與預算，也沒有足夠的時間對預算項目進行必要的研究。這樣的預算只能根據上壹年的數據來編制，往往與實際情況相差甚遠。
三是預算執行不力，隨意性現象嚴重:
首先，由於缺乏考核意識，考核指標不明確，行政事業單位普遍缺乏對預算項目完成後預算執行情況的科學分析、控制、考核和評價，存在資金投入是否正確、資金使用效果如何、是否存在超預算支出等問題。都沒有得到足夠的重視，這對下壹年度預算的編制和執行沒有指導作用和參考價值，削弱了預算應有的功能。
其次，由於很多單位沒有落實預算執行的激勵機制和問責機制，沒有將預算執行與員工績效掛鉤，預算執行缺乏應有的約束力，預算執行過程中隨意改變資金用途，降低了資金使用效率，造成了嚴重浪費。壹些單位雖然也有相應的考核制度，但缺乏科學性和規範性，大多只是流於形式，未能對預算執行形成真正的約束力。
第三，資金管理。壹是員工借了公款沒有及時催收形成壞賬；二是支付的資金沒有及時清算形成壞賬。年終清算和財務結算。壹是會計部門和財產管理部門未按有關規定對各種物資進行清理盤點，導致未能及時查明資產盈虧原因，按規定進行處理並調整財務，導致賬實不符。二是年終結賬未按要求進行。檢查中發現，部分單位未按新財務制度規定將收支科目余額全部轉入“結余”科目，仍采用舊的會計處理方法，將本年結余虛列支出轉入存款，造成本年虛列收支。
第四，缺乏有效的監督機制，控制體系不完善:
從目前的實踐來看，壹些行政事業單位對預算管理還缺乏有效的監督管理機制。沒有完整有效的組織體系來支持全面預算的實施。支出預算的分配方式和管理體制仍停留在粗放型水平，管理體制尚未理順，導致支出管理和監督考核缺乏強有力的控制、有效的約束機制和激勵機制。同時，資金使用的社會效益也缺乏系統的評估機制，從而增加了資金使用的隨意性。
首先，行政事業單位內部缺乏對預算管理的監督管理機構，對預算進行全過程、全方位的監督。壹些單位雖然設立了相應的部門，但其對預算全過程檢查的頻率和深度還不能滿足行政事業單位預算管理的要求，檢查方式多為專項檢查，零敲碎打，缺乏系統、動態、持續的監督管理，監督效果大打折扣。
其次，由於行政事業單位在國民經濟中的特殊性，需要接受各方的監督和評價，保證其預算管理的公開公正，檢驗預算是否真正執行，防止腐敗。但是，目前行政事業單位的預算管理還沒有相應的外部監督和評價機制。另外，即使接受了外界的意見，也不能及時查處，及時反饋，處理機制不夠完善。