清河坊歷史街區的改造應堅持保存歷史文脈和再現傳統街區風貌的有機統壹，按照《威尼斯憲章》中的充分信息性、可逆性、可識別性和多樣性、多元文化的原則，對所有建築區別對待。第四條上城區人民政府負責組織實施本辦法。
上城區人民政府成立清河坊歷史街區管理機構，負責清河坊歷史街區的保護、管理和監督。
建設、規劃、文物、土地、旅遊、房產等有關行政管理部門應當按照各自職責，做好清河坊歷史街區的管理工作。第五條上城區人民政府應當根據杭州城市總體規劃的要求，會同市有關部門編制清河坊歷史街區保護規劃，報市人民政府批準後組織實施。
清河坊歷史街區保護規劃應當劃定重點保護區和傳統風貌協調區，重點保護區和傳統風貌協調區應當編制能夠反映整體歷史環境的詳細規劃，合理確定規劃的主要控制指標。
清河坊歷史街區的保護規劃應當合理布局各個街區的功能，保持清河坊歷史街區的傳統風貌和歷史文化氛圍。第六條上城區人民政府應當將清河坊歷史街區保護所需經費納入同級財政預算，專項用於清河坊歷史街區保護。
鼓勵和支持社會捐贈，開辟清河坊歷史街區保護的各種資金來源。第七條經批準的清河坊歷史街區保護規劃，任何單位和個人必須嚴格執行，不得擅自變更。
清河坊歷史街區內的土地利用和各項建設必須符合保護規劃的要求。第八條清河坊歷史街區內因規劃需要保留的房屋，應當進行成片保護和整體保護，並按照下列規定進行保護和改造:
(壹)公有住宅房屋(含直管公房和單位自管房屋)由清河坊歷史街區管理機構統壹保護改造，原使用人按照《杭州市城市房屋拆遷管理條例》的規定負責搬遷或貨幣安置；
(二)產權屬於私有房屋，產權人要求自保改造並符合相關條件，可由產權人自保改造，使用人按照《杭州市城市房屋拆遷管理條例》負責安置；
(三)產權單位所有的非住宅房屋，可以自行保護和改造的，由產權單位按照清河坊歷史街區保護規劃實施改造。
除前款第(二)、(三)項規定外，清河坊歷史街區內因規劃需要保留的房屋，由清河坊歷史街區管理機構統壹保護和改造，並按照《杭州市城市房屋拆遷管理條例》的規定，對其產權人或者使用人進行安置或者貨幣安置。
清河坊歷史街區範圍內因規劃需要拆遷的房屋，產權人或者使用人應當按照《杭州市城市房屋拆遷管理條例》的規定負責搬遷或者貨幣安置。第九條產權人自行保護和改造保留房屋的，應當與清河坊歷史街區管理機構簽訂保護和改造協議，履行保護和改造義務，遵守保護和改造規範。
清河坊歷史街區內因規劃需要保留的房屋，在搬遷前應當保護其產權人和使用人，不得拆除或者損壞原有建築構件。第十條清河坊歷史街區管理機構應當按照街區保護規劃的要求，對街區內的建築物、構築物和其他設施的改造和修繕方案進行審核，確保修繕質量。第十壹條清河坊歷史街區管理機構應當采取有效措施，逐步完善清河坊歷史街區的基礎設施，有計劃、有步驟地對保護規劃確定保護的建築物、構築物和其他設施進行維護和整治。
對保護規劃保護的建築物、構築物和其他設施，產權人或者使用人應當與清河坊歷史街區管理機構簽訂保護責任書，明確維護和修繕責任。第十二條在清河坊歷史街區重點保護區和傳統風貌協調區範圍內進行建設的，設計方案應當經清河坊歷史街區管理機構和市文物行政部門同意後，方可辦理相關手續；涉及文物保護單位、文物保護場所和建設控制地帶的，依照文物保護法律法規執行。