合成食用色素(合成色素)成本低，色澤鮮艷，著色力強，對光、熱、氧、pH穩定，但有壹個很大的缺點，就是毒性(包括毒性、腹瀉性、致癌性)。這些毒性來源於合成顏料中的砷、鉛、銅、苯酚、苯胺、乙醚、氯化物、硫酸鹽等，對人體會造成不同程度的傷害。我國在1982公布了《食品添加劑使用衛生標準》，規定只能使用5種合成色素，並規定了最大用量，如合成色素的純色素含量不得低於85 ~ 99%，1 kg合成色素中砷含量應低於1 mg，鉛含量低於10 mg，銅含量低於20 mg。苯酚不得超過5毫克，苯胺不得超過4毫克，各種氯化物不得超過0.5%。這些規定是為了限制顏料中的雜質，減少其對人體的毒性。
目前國內允許使用的合成色素有莧菜紅、胭脂紅、檸檬黃、日落黃、靛藍。它們用於果味水、果味粉、果子露、蘇打水、混合酒、紅色和綠色絲綢、罐頭食品和蛋糕的表面著色。這些合成色素確實使食品表面看起來特別誘人，但禁止在以下食品中使用:肉類及其加工品(包括內臟加工品)、魚類及其加工品、水果及其制品(包括果汁、果脯、果醬、果凍、釀造酒)、調味品、嬰幼兒食品、餅幹等。國際上，自美國1976禁止使用合成色素莧菜紅後，逐漸重視天然色素的開發和應用。
大多數天然食用色素來自植物，也有壹些來自動物和礦物質。在“綠色運動”呼聲越來越高的今天，天然食用色素的發展前景更加看好。而且世界各國都制定了法律法規，淘汰大部分有毒的化學合成色素。目前，“天然、營養、多功能”已成為天然食用色素的發展方向。
天然色素直接來自動植物，除藤黃外，其余對人體無害。但國家也規定了每種天然食用色素的最大用量，以保證安全。目前允許使用的天然色素有姜黃素、紅花黃色素、辣椒紅色素、紫膠色素、紅米、醬色、甜菜紅、葉綠素銅鈉和β-胡蘿蔔素，其中，醬色(又稱糖色)的使用應引起註意。醬色是將蔗糖醬和麥芽糖醬在160 ~ 180℃加熱3小時使其焦糖化，然後加堿中和而成。焦糖本身沒有毒性，但如果在生產過程中加入銨鹽，焦糖中會有含氮雜環化合物4-甲基噁唑，具有很強的驚厥作用，含量過大會對人體有害。所以我國規定只允許使用不含銨鹽的醬色。
天然色素可以用在各種可以用在上述合成色素的食品中。因此，為了在食品中添加色素，最好選擇天然色素，即使成本增加，消費者也願意接受。在天然色素中，有兩種與日常飲食密切相關。壹種是β-胡蘿蔔素，是人體食物的正常成分之壹，也是人體必需的營養素。作為食品添加劑，不僅無害，而且有益。自制的奶油蛋糕用它們上色，都很好看。二是紅曲米，紅曲米是我國傳統使用的天然色素之壹，主要用於制作紅色腐乳和紅腸。由於其良好的著色性和對蛋白質的耐熱性，普通家庭可以用它來制作熟肉制品。
近年來，世界各國都傾向於充分利用天然色素。凡是對熱、光、氧化穩定，不易受金屬離子或其他化合物影響的天然色素，只要對人體無害，都應提取出來供我們使用。這樣可以彌補天然色素不夠鮮艷，色素濃度低的不足。