(1)意義上的差異:
1.以家庭為單位，以生產資料個人所有制為基礎，完全或主要依靠自己的勞動來滿足自身消費的小農經濟。其中，有的以自有土地經營，有的以租賃土地經營，有的兩者兼而有之。
2.自然經濟是傳統社會封建經濟形態下的主要經濟形態。它與商品經濟相結合，相互排斥。不能說自然經濟沒有商品交換。它是指生產是為了直接滿足生產者或經濟單位的需要，而不是為了交換的壹種經濟形式。自然經濟是商品經濟的對立面，是私有制經濟的壹種表現形式。
(2)特征差異:
1，小農經濟的特點是，家庭是生產生活的基本單位，精耕細作；農業和家庭手工業的結合；生產出來的產品用於自我消費或納稅，是自給自足的自然經濟。
2.自然經濟特征是以家庭(包括其他時期的氏族公社和封建莊園)為主要的基本生產單位，生產規模相當小；大多數情況下，產品的原料收集、生產乃至消費都是為了滿足勞動者自身的需要；在自然經濟中，農業生產與家庭手工業制造相結合，即獨立生產和使用農產品和壹些手工業。
(3)生產條件的差異:
1.小農經濟是鐵農具和牛耕技術出現以及土地私有制確立後的產物。它是以家庭為基本單位的農業和手工業的結合，其生產目的主要是為了滿足自己的基本生活需要和納稅。
2、自然經濟是相對於商品經濟而言的，是壹種自給自足的經濟，即生產是為了滿足生存，而不是為了市場的需要。
(4)時間上的差異:
1.春秋戰國時期，即牛耕技術普及、封建土地所有制確立之後，出現了小農經濟。
2.自然經濟早在原始社會就已經出現。因為那時候生產力極低，生產規模很窄，商品經濟還沒有出現。
二、自然經濟和小農經濟的關系:
1，小農經濟等同於自然經濟，因為它們有壹個共同點，就是生產規模小，自給自足，都是生產力低下的產物。其實這兩個概念並不等同。自然經濟最本質的屬性是物質生產的自給自足，與商品經濟相對。小農經濟最本質的屬性是農業經營規模小。隨著社會生產力和商品經濟的發展，逐漸加強了與市場的聯系。
擴展數據
自然經濟的單壹生產單位及其對市場的依賴性很小，導致以雇傭勞動為基礎、從事資本積累和發展的商品經濟缺乏廣闊的市場需求和勞動力，殖民經濟以傾銷國內商品為主，這使得中國的自然經濟對商品經濟有著先天的抵觸心理。
這也是鴉片戰爭後相當壹段時間內資本主義國家沒有在中國取得驚人利潤的主要原因。
但是，在封建社會，自然經濟和商品經濟是相互制約、相互排斥的。自然經濟由於其固有的特點，自然排斥社會分工和商品經濟，從而限制了社會生產力的發展。同時，無論自然經濟多麽強大，商品經濟都是導向性的，起主導作用的。它總是通過不斷分解自然經濟來引領社會經濟前進。
資本主義經濟(包括殖民經濟)的發展將導致市場上供應的商品種類和數量空前增加。這種現象會繼續推動以家庭為生產單位的自然經濟因為競爭力不夠而解體，成為無產階級，為資本主義的發展提供雇傭勞動。
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