有機肥的關鍵來自綠色植物和(或)小動物殘體，施入土壤層以給予植物營養為主要功能。它是由微生物化學物質、動植物廢棄物和綠色植物殘體生產加工而成，去除了有毒有害物質，含有多種有益化學物質，包括各種有機物、肽類和包括氮、磷、鉀在內的多種微量元素。有機肥富含有機質，是多種微生物菌種生長、發育、繁殖的區域。根據黃景春的科學研究，通過深耕和配施有機肥，土壤層中的固氮菌比對照增加了近壹倍。
化纖溶菌數量增加了近2倍，其他微生物菌種的生物群落也明顯增加，因此施用有機肥可以大大促進新開墾土地資源的熟化進程。此外，有機肥還能產生酚類、維生素、酶、生長素等多種化學物質。，能促進作物根系的生長發育和養分的消化吸收。實驗證明，菜籽餅在茶樹上往往特別合理。花生麩不僅營養豐富，更重要的是菜籽餅在分解過程中產生壹種能刺激根系生長發育的化學物質，促進茶樹根系生長發育，吸收營養。其他有機肥料也有類似的效果。
直到每年耕種或秋播時，會根據清糞口傾倒在圍欄外，再運到地裏作為農作物的基肥。自然也有利用田地給田地施肥的。壹般來說，堆肥表面會覆蓋壹層草泥，壹是保證土壤雜肥的有機質不蒸發，二是保證土壤雜肥的水分，有利於裏面壹些化學物質的腐爛。同時，堆肥情況下形成的熱值還會消滅動物糞便中的裂頭蚴和致病菌，保證蔬菜的安全性。非常容易引起更多的根部病蟲害:未發酵的有機肥壹般含有大量的有害細菌，尤其是動物糞便，會殘留大量的大腸桿菌等有害細菌，導致蔬菜根部病蟲害，明顯導致死樹爛苗。