與其他運輸方式相比，水路運輸主要具有運能大、成本低、效率高、能耗低、投資少的優點，但也存在速度慢、環節多、受自然條件影響大、機動性差的缺點。具體來說:
(1)水運可實現大噸位、大容量、長距離運輸。中國常用的2.5萬噸級運煤船，壹艘相當於12輛運煤列車或上萬輛運煤卡車的載貨能力。
(2)能耗低。運輸1噸貨物到同樣的距離，水運消耗的能源最少。
(3)運輸成本低。水運手段主要是在自然水道上航行，航線自然。只需要花很少的錢對其進行整改，維護船舶標誌的設施和管理，就可以供船舶行駛使用。水運的運輸成本鐵路運輸約為1/25 ~ 1/20，公路運輸約為1/100。
(4)水路運輸通常是整個綜合運輸體系中的中間運輸環節，必須依靠兩港其他運輸方式的連接和配合，為其集疏運貨物。
(5)水運速度比其他運輸方式慢。壹方面是因為船在水中航行時阻力大；另壹方面，要實現大運量運輸，需要較長時間集中疏散貨物。
(六)水路運輸外部經營條件復雜多變。海運路線大多比較長，要經過不同的地理區域和不同的氣候帶。內河航道水位、流速隨季節變化較大，部分河段有暗礁、淺灘，水運受自然因素影響較大。而且水運環節多，需要港口、船舶、供應、通信導航、修船代理、國家相關職能部門的密切配合才能順利完成。因此，水路運輸的管理更加復雜和嚴格。
(7)航運是國際性的。第壹，商船有權在公海和各國領海上和平航行，不受其他國家的管轄和限制，有權進入對外開放並能安全停泊的港口，從而使航運在國際交通中極為便利；第二，各國商船可以在國際航運中競爭。當然，航運是壹項全球性的商業活動，我們必須尊重國際法和國家航運法。二、水路運輸的分類
水路運輸有多種分類方法。
(1)根據貿易種類，水路運輸可分為外貿運輸和內貿運輸。外貿運輸是指中國與其他國家和地區之間的貿易運輸；內貿運輸是指國內各地區之間的貿易運輸。
(2)按航行區域和水路運輸，可分為遠洋運輸、沿海運輸、內河運輸和湖泊(包括水庫)運輸。遠洋運輸是指國際運輸，多為外貿運輸；沿海運輸是指相鄰幾個海域之間或本海域內的運輸，主要是國內運輸；內河運輸是指在壹條河流(包括運河)上或通過幾條河流的運輸，壹般是國內運輸；湖運是指壹個湖區內的運輸，多屬於國內運輸。
(3)根據運輸對象，水路運輸可分為旅客運輸和貨物運輸。旅客運輸是指運送旅客和部分貨物的運輸，可分為單項旅客運輸(包括旅遊)和客貨兩用運輸。貨物運輸是指以貨物為載體的運輸，可分為散裝運輸和普通貨物運輸兩大類。前者是指運輸未包裝的散裝貨物，如石油、煤炭和礦石。後者是指小批量、多件或零星貨物的運輸。
(四)根據船舶營運的組織形式，水路運輸可分為定期船舶運輸(班輪運輸)、不定期船舶運輸和特種船舶運輸。定期船舶運輸是選擇適合特定營運條件的船舶，在指定航線上停靠若幹固定港口的運輸；不定期船舶運輸是指根據運輸任務或租船合同組織的沒有固定航線的運輸；專用船舶運輸，是指企業自有或租賃船舶運輸自有物資。