1951春，人民日報刊登針灸治療的消息後，要求針灸治療的人數明顯增多。為了滿足患者的需求，衛生部婦幼保健工作大隊下臨時開設了壹個門診部，起初只有9個人，後來增加到13人。除了治療大量病人，還為建立研究所做了準備。1951年7月，國務院文教委員會正式批準成立衛生部針灸療法研究室，工作人員28人。8月2日，宣布成立針灸療法實驗研究所。同年10月20日，10，衛生部任命衛生部婦幼保健司副司長朱利安同誌為主任。
1954年冬，中央批準成立衛生部直接領導的中醫研究院，針灸療法實驗研究所劃歸中醫籌備處領導，與原北京中醫學院基礎部和華北中醫實驗研究所針灸部合並。1955 19年2月19中醫研究院宣告成立，針灸療法實驗研究所更名為中醫研究院針灸研究所。到1957年，針灸研究所發展到106人，設有五個針灸室、x光室、實驗室和基礎研究室(包括生理、生化和解剖)。1958遷至中醫研究所(現廣安門醫院舊址)。1962年，以研究梅花針療法為主要任務的針灸療法研究所並入針灸研究所。1964年4月，為開展經絡研究，中共宣傳部從中國醫學科學院、北京醫學院、北京中醫學院抽調了壹批學術骨幹，組成了“經絡研究所”(現東直門針灸舊址)，由中國醫學科學院張西軍院士任所長。該研究所的中心任務是重復朝鮮奉漢金“經絡實體”的研究工作，迅速獲得可靠數據，否定奉漢金的結論。
1970開頭，人民日報刊登了中國針灸麻醉研究的消息，引起了世界各國的關註。9月，在周總理的關懷下，動員了針灸研究所和原經絡所40多人重建了針灸研究所，設在原經絡所(現針灸所舊址)，開展了壹些針灸臨床和針灸鎮痛原理的研究。
4月23日，1975，衛生部批準的外國醫生針灸班正式成立，接收了第壹批學員。
1978，恢復中醫針灸研究所名稱。1981 8月，經科協批準，《中國針灸》編輯部正式成立，並出版雜誌第1期。1983，世界衛生組織確認針灸研究所為該組織傳統醫學(針灸)合作中心。1984《針灸研究》編輯部劃歸針灸研究所。1994年，國家中醫藥管理局批準成立國家經絡研究中心，部級重點實驗室。
2001年，針灸研究所針灸學科被批準為“國家中醫藥管理局重點學科”；2003年，針灸研究所針灸功能實驗室被評為國家中醫藥管理局三級實驗室。