本著項目法人責任制的原則，本工程實行項目辦公室主任負責制。在主任授權下，副主任(包括總工程師)與各部門主任共同享有壹定範圍的職權，直接向主任負責。各部門實行崗位責任制，各子業務崗位分工明確，責任落實到人。
2.投標管理
根據《中華人民共和國招標投標法》、《公路工程勘察設計招標投標管理辦法》、《公路工程施工監理招標投標管理辦法》、《公路工程施工招標評標管理辦法》、《關於改進公路工程招標評標辦法的指導意見》和《江西省實施〈中華人民共和國招標投標法〉辦法》。在招標工作中，堅持依法辦事，依法懲處違法行為。在江西省交通重點工程監理組的指導和監督下，接受交通部、省交通廳、省監察廳、省重點建設項目辦公室、所有投標人、新聞媒體乃至全社會的監督。
3.監督管理
根據交通部頒布的《公路工程施工監理規範》，本工程實行社會監理。全線主體工程設四個高級駐地監理工程師辦公室。另外還有房建和機電工程的監理工程師辦公室。項目辦與中標監理單位通過監理合同確定委托與被委托關系，做到各司其職，獨立工作，相互尊重，密切配合。監理工程師和承包商是監理和被監理的關系。
4.工程質量管理
本工程的質量目標是竣工驗收質量評定等級為優良。本工程實行“業主負責、政府監督、社會監督、承包商自檢”的質量管理體系。項目辦公室主任全面負責項目質量的領導工作，是項目質量的第壹責任領導。主管技術的總工程師和主管項目的副主任是對工程質量負責的直接領導，工程技術部是對工程質量進行監督管理的職能部門。
高級駐地監理工程師是直接管理工程質量的負責人，對工程質量負有直接管理責任，並與項目辦公室簽訂工程質量管理責任書。
承包商是工程質量的直接責任人，與項目辦簽訂質量責任書。項目經理部實行項目經理負責制，實行“自檢、互檢、交接檢”三檢制，實行“橫向到邊、縱向到底、有效控制”的質量管理體系。
5.信息管理
為了加強高速公路工程建設管理的規範化、系統化和高效化，實現動態管理和實時監控，對京鷹高速公路工程建設業務實行全面、全過程的信息化管理。